重新再次说回东亚人有没有东亚古老直立人血统的问题:
现今的基因研究是不支持现代东亚人有直立人血统的假说，但严格来说，只是不支持，并不是确定没有，有两种可能性会造成这种基因研究结果:
1. 东亚人确实没有直立人血统
2. 东亚人有混入直立人血统，但是目前留存已经太过微量，导致达不到统计学上的显著性水平。在达不到显著性水平的情况下，很难说这种微量相似到底是偶然突变造成得巧合还是真有混血，因此说尚不能支持东亚人有直立人血统这种说法。

那么，东亚蒙古人种的扁平面部特征有没有可能源自东亚直立人？有可能！这也是中科院吴新智坚持东亚人本土起源的主要依据，毕竟东亚人类自直立人时代就有面部扁平的特征。但如今基因学的研究已经驳斥这种假说了，现代东亚人绝大部分血统是起源自出非洲的晚期智人，仅有很小部分来自早期智人，没有来自直立人的血统或少得忽略不计。但即便在这种情况下，东亚早期直立人的体质特征仍有可能遗传下来。大家来听听下面这个案例就明白了。
现代人的尼安德特血统已经很少了，但有研究发现尼安德特血统很可能会继续减少，因为人类的基因重组等过程会对这部分尼安德特基因片段进行筛选淘汰。那么现代人身上尼安德特血统如此低，并且还在不断继续减少，现代人就不会有尼安德特或其他早期智人的特征了吗？并不是，现代人当中依然有很多人带有尼安德特人的抑郁症易发基因。又比如藏族人的丹尼索瓦人血统其实也很少了，但是来自丹尼索瓦人的适应高原的基因却在藏族人中普遍存在，成了藏族人的优势普遍基因。
因此东亚直立人血统尽管在现代东亚人中已经没有了，但是使得东亚直立人面部扁平的基因点或片段可能依然在东亚人当中留存，只是该基因相对于整个基因组片段占比实在太小，加之尚未有确定的直立人基因片段做参照而无法确定是否源自直立人（藏族人的高原适应基因是与已有丹尼索瓦人的基因研究样本做对比才确定该基因来自丹尼索瓦人）。
如果东亚现代人的面部扁平基因是源自东亚直立人，那么很可能也不是直接源自东亚直立人，而是先由东亚直立人传给东亚早期智人，并且东亚直立人片段也在东亚早期智人当中经历了不断减少的过程，后来再由东亚早期智人传给来到东亚的晚期智人。

关于现代东亚人的面部扁平特征与哪些基因有关，过去没有人做这种研究，但是复旦和中科院已经做了

东亚地区虽然已经有不少古基因研究结果，但是全都属于晚期智人和现代人的，东亚早期智人的结果一个都没有，接下来如果能有并且能有多一些东亚早期智人的结果，那么就可以对比看看现代东亚人的扁平是否源自东亚地区的早期智人。

至于该基因是否又源自更早的直立人，可能永远无法确定，因为直立人的年代太过久远，基因已无法提取。除非恰好有哪一支直立人到很晚近的年代仍未灭绝（比如一两三万年前），并且恰好他们的遗骨又保存相对完好并且还被今天的人挖掘到。

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甭管东亚人的上面部扁平特征是自发的基因突变，还是从早期智人或直立人那里继承下来的，那么为何该特征会广泛传播成为东亚人的普遍特征呢？这仍然是个问题