2019年9月，南航天目湖校区一期投用。
【2019-2020年入驻专业】
本科四年：
民航（飞行）学院（7院）：飞行技术专业。
本科前两年：
民航（飞行）学院（7院）剩余7个专业：交通运输（空中交通管制与签派）、交通运输（民航运输管理）、交通运输（民航机务工程）、交通运输（民航电子电气工程）、交通运输（机场运行与管理，含中外合作办学）、飞行器适航技术专业、土木工程。
2020年11月，民航（飞行）学院拆分为民航学院（7院）、通用航空与飞行学院（20院）。飞行技术、交通运输（民航机务工程）两个专业划拨给通飞学院。
2021年9月，南航天目湖校区二期一标段投用。
【2021-2022年新增入驻专业】
本科前两年：
自动化学院（3院）所有5个专业：自动化（含中外合作办学）、电气工程及其自动化、测控技术与仪器、生物医学工程、探测制导与控制技术。
电子信息工程学院（4院）所有4个专业：电子信息科学与技术（航空航天）、电子信息科学与技术（微波毫米波系统与器件技术）、信息工程（航空航天）、微电子科学与工程（集成电路设计）。
计算机科学与技术学院（16院）所有5个专业：计算机科学与技术、信息安全、软件工程、物联网工程、人工智能专业。
2022级南航本科新生共4988人，其中入驻天目湖校区的五个学院的新生共2254人。