高新技术企业的主管部门是各地：科技局，税务局和财政局。
各个部门分管不同，
科技局主要负责审核各个企业提交的高企材料是否符合要求，并给出相应的建议；
税务局主要是核查企业的研发费用，社保或个税情况和税务系统申报的是否一致和合理；
财政局主要是负责给通过认定的高新技术企业拨款。