恶魔召唤师 灵魂骇客平台:Sega Saturn、PlayStation、Nintendo 3DS开始的地点是夜幕下的天海市。这里由于政府的“次期情报都市”政策,五年中从一个普通的地方城市一跃成为被电脑网络包裹着的模范都市。其建设的核心部份是名为 Paradigm X 的网络城市。
天海市街边的一个公共终端,所属骇客组织Spookies的成员主角与女友远野瞳正尝试非法侵入Paradigm X。主角很轻松地调出了一个当选者的记录,这时屏幕上出现了一个自称REDMAN的人发来的讯息。他警告主角网络警察已经出动,但主角对其人一无所知。妹妹友子打来电话,家里收到了入选通知。回到家中电脑旁正欲开动,却收到组织发来要求集合的电子邮件。到达Spookies的基地芝滨停车场见到组织的LEADER樱井。他捡到了一把奇特的枪型电脑,但无法启动。主角和瞳在樱井走后迫不及待地进入了Paradigm X,这时REDMAN出现了。为了更好交谈,他将主角的灵魂吸进了电脑内,他希望得到主角的帮助,与自己一同拯救天海市即将面临的危机。为了用最直观的方式解答主角的疑惑,他为主角安排了一场特殊的电影——Vision Quest。所谓 Vision Quest实际是一些已死的战士们最后的记忆,主角需要以亲身体验来理解所面对的问题。
Vision Quest 1 被捕舞女时间回到三天前,同样是夜幕下的天海市,一辆黑色轿车内有一名叫卜部的男子,他身边的座椅上放着那把枪型电脑。卜部,一名从组织中叛逃的恶魔召唤师。他所背离的组织是名叫“魅影协会”的巨大集团,正是这个集团的一部分,Algon Soft建造了Paradigm X。他此行目的是去Algon NS大厦盗窃名为“尼米莎”的程序。由于尼米莎程序的容量太大,卜部不得不将仲魔的召唤程序删除才得以盗取。以至于与魅影协会最强的召唤师菲烈甘不期而遇时束手无策。被杀死前,他设定了一组密码将尼米莎程序锁定,最后,瞳的呼唤把主角带回现实世界。主角打开枪型电脑,程序释放出了名为尼米莎的女恶魔,她侵入了瞳的体内,却又未能将瞳的灵魂赶走,最后的结果就是两人只好暂时和平共处。
随后骇客组织的其他伙伴纷纷登场:迫真悟:代号Six,北川润之介:代号Lunch。这时,主角收到了LEADER樱井打来的求援电话,称其在Algon NS大厦被恶魔围困,于是主角做为恶魔召唤师的第一战正式开场,战后将敌方召唤师卡罗尔J掉落的纸片和许可证捡起。
返回基地,最后一个伙伴佑一到达。经分析,纸片上记录的是进入SUMMONER-NET的密码。这个网络是从属于魅影协会集团的恶魔召唤师们接受组织命令的专用网络。通过这些讯息,众人意识到了难以理解的麻烦。
被打败的卡罗尔J再次向主角发出挑战,决战的地点设在天体博物馆。卡罗尔J引来恶魔穆维斯并被附身,战后穆维斯的灵体竟然也钻进瞳的体内,与尼米莎发生争夺后连同瞳的身体一起消失了。
回到基地,主角发现瞳的影像竟然出现在电脑屏幕上。原来恶魔穆维斯遁入了 Paradigm X系统,而同为恶魔的尼米莎因此也学会了在网络上移动的方法,利用这种能力她将主角的实体也带入了虚拟城市。
Vision Quest 2 终结之物这个剧本的主角是魅影的一名成员,名叫尤达,身为暗黑召唤师的尤达一直对于自己的人生道路持有坚定的信念,但是在与恶魔战斗的最前线接触到恐怖的真实后,陷入了深深的迷茫。在魅影协会集团的基地高层内,尤达应邀来到组织的最高指导人西次官面前。一身阿拉伯打扮的尤达手执着一支金色的萨克斯管——实际上也是一台异型电脑。西神色焦急地告诉他,建设中的天海市机场受到了恶魔玛尼荼的控制。尤达到达天海机场内部,意外的撞见了丽铃舫,测试过尤达的能力后丽抽身离去,并且告诉尤达他将自己的力量用错了方向。一直以来,做为组织的骄子、深信自己的行为充满了正义的尤达已开始动摇。进入管制室,打败盘踞着的恶魔温普之后,管制室里的电脑突然象发疯一般地呼叫恶魔玛尼荼,随后与尤达一起爆炸了。直到那粉身碎骨的最后一刻,尤达也没有找到自己人生目的的真正答案。告别了REDMAN,主角回到现实世界,正巧遇到由SUMMONER-NET在网络上发来的紧急通知,天海机场内部恶魔温普再次出现。来到管制室内,菲烈甘已将温普干掉。他认出主角不是魅影的人,因此展开了战斗。打倒菲烈甘召唤出的恶魔后,主角遇见了助六——葛叶恭司现在使用的躯体。
主角的母亲打来了电话。回到家中目睹的是坐在电脑旁边完全失去神态的妹妹友子,此时电脑上正映出Paradigm X的VR美术馆。前往VR美术馆内,主角发现迷惑友子的海豚实际上是个恶魔,将其打败后回家,此时友子已恢复了正常。
从家中出来,主角迎面遇上找到新躯体的穆维斯,它竟然知道隐藏在瞳面目下的尼米莎的身份,战斗后留下一堆碎片便逃走了。主角将碎片带回基地,润之介等人认出这些碎片是由LEON自工生产的机械部件。来到LEON自工,穆维斯此时仍不堪一击,战败后再次逃入Paradigm X,走投无路后自杀。
从网络上下来后,主角意外地遇到了丽铃舫。她终于将主角三人视为了同一阵线的战友,并提示众人应去业魔殿,那里有人在等候主角。在业魔殿会见到名叫银子夫人的女性,她为主角等人详细介绍了前作主角的经历,并且说丽在主角身上看到了前作主角的影子,因此才向主角提供帮助。