《超越善恶2》的故事背景设定在24世纪的System 3，这是银河系一个星际殖民和交易中心，一个庞大无缝的在线环境，私人企业为了垄断剥削那些混血，社会资源紧张。这个融合了各种种族和旧地球文化的社会，为太空海盗创造出了最理想的生存空间，新一代的船长们出现了，他们将在这个星系里创造自己的佳话，准备好开启太空海盗的新纪元。