最近光合细菌、EM菌等比较流行，商家的宣传中也声称光合细菌除了分解粪便污物，还可以完成硝化细菌的工作，降低氨、亚硝酸盐含量。所以加了光合细菌，就不必再添加硝化细菌了。
首先这个说法本身没错。光合细菌是以光为能源，在低氧条件下工作的菌群，利用光合作用分解有机物、氨、硫等物质，也能进行反硝化作用去除氨。从功能上看，光合细菌不仅能够完成硝化细菌的去氨功能，还能完成其他异营细菌的功能，真可谓多面手，确实可以取代硝化细菌的作用。但是光合细菌到底是否适合水族箱使用呢？
问题就是这个光照+低氧的环境，水族箱中很难存在。水族箱中最有可能的低氧区，就是厚厚的底砂底部，但这里又缺少光照，光合细菌无法进行光合作用。因此，水族箱里是不适合光合细菌生存的。
实际上，光合细菌应用最广的是水产养殖业，用来“改底”。鱼塘、虾塘和水族箱不同，由于高密度饲养，大量投放饲料，塘低会堆积很多排泄物和有机物，而鱼塘又不象水族箱那样可以经常换水、清理沉积物，所以鱼塘的塘底就会由于有机物的大量堆积分解造成一个低氧区，存在各种有害的硫化物等物质，危害鱼虾的健康。而这个低氧区是有可见光的，正适合光合细菌的生长。在鱼塘中投放光合细菌，有利于改善塘底的水质，减少有害物质的堆积。
因此，光合细菌虽然功能强大，但并不适合观赏鱼的水族箱使用，所以水族箱使用硝化细菌更合理。还有人说光合细菌里含有硝化细菌，这个说法也是错误的。光合细菌可以实现去氨的功能，但它和硝化细菌完全是两类细菌，工作原理全不同，而且生长环境要求相反，在同一环境下，光合细菌和硝化细菌也不可能共存，甚至互相抑制。