北の戦乱以后
魂と共に、抗しうる者
北の戦乱から7年后、北の地には死んだと思われていた24名の戦士の内、密かに生き延びた7人の戦士が潜伏していた。その内の1人であったクレアは、7年目にして遂にラキが北の地にいた痕迹を见つけ、打倒プリシラ、そしてラキとの再会を果たすため北の地を抜ける。ミリアもまた、「组织」を溃し仲间の仇を讨つために北の地を抜けることを决め、生き延びた7人の戦士たちは北の地を后にする。
北の地を抜け出たクレアたちは、覚醒者讨伐队と「西のリフル」との戦いに遭遇、新世代の戦士たちを救うためにリフルの前に立ちはだかる。7年振りにクレアと再会したリフルは、クレアに7年间の情势の移り変わり、そしてプリシラの力が深渊の者すらも上回っていたことを语る。
幼き凶刃、戦いの履歴
新たなNo.47の戦士クラリスはNo.4ミアータの补佐に任命され、组织を离反したガラテアの粛清を命じられる。クラリスはミアータの能力を頼りにガラテアを捜索し圣都ラボナへと辿り着き、盲目のシスターとして潜伏していたガラテアを発见するが、その直后、圣都ラボナに元No.2の戦士の覚醒者「鲜血のアガサ」が姿を现す。ガラテアはミアータをアガサの元へと导き、アガサの讨伐を试みるが、ミアータはあくまでもガラテアのみを狙う。やがてガラテアとミアータはアガサに追い诘められ、万策尽きたその时、北の戦乱を生き延びた7人の戦士が姿を现し、瞬く间にアガサを切り伏せる。
アガサを倒した后、ミリアから组织の実态を闻いたクレア达はラボナと协力して组织を溃すことを决意する。クラリス、ミアータもまた、组织を离反しラボナに滞在することになった。ラボナの骑士、シドとガークからラキの生存を知ったクレアは、ミリアの提案で「组织」との戦いの前にラキとの再会を果たすため、シンシア、ユマと共に西の地へと向かう。一方、7年の间に妖魔を斩り伏せるほどの戦士に成长していたラキもまた、クレアの仇敌であるプリシラと共にイースレイの元を离れ、クレアとの再会を果たすために各地を転々とし、西の地を访れていた。
大地の鬼哭
西に向かったクレア一行は途中に立ち寄った町で、薬で妖気を消した3人の戦士と2人の黒服と出会う。しかしその时、女の覚醒者が自分を讨伐しに来たと勘违いし、クレア达に袭いかかる。その覚醒者を倒したクレア达であったが、そこに以前クレアの担当であったルヴルが姿を现わす。彼はクレア达に自分の目的とリフルに関する情报、そして自分が戦火の大陆で组织侧と敌対する组织が潜入させた工作员だということを知らせ、クレア达の下を去る。
一方南に向かったデネヴ达は道中、劣势に立たされた覚醒者讨伐の一団と出会い彼女达を助ける。そして付いてきた讨伐队の队长No.8ディートリヒから南の地にあった町々の半分が消灭した事、悪魔と呼ばれるものが活动していることを知らされる。その后立ち寄った町でイースレイの妖気を感じたデネヴ达2人は、兴味本位で彼に近づくが正体を见破られデネヴは重伤を负う。しかし、玉砕を覚悟で妖力解放し闘おうとした2人の前に现れたのは、悪魔の一団だった。「组织」から深渊喰いと名付けられた悪魔は実は、体に覚醒者の血肉を取り込んだ戦士达だった。深渊食いたちは惊异的な生命力でイースレイを追い诘め、彼を倒した。そしてイースレイが倒されたことを知った「组织」はリフルを倒しNo.6ルネを救出する为、新たな深渊喰いと共にNo.1アリシアとNo.2ベスを西の地に派遣する。
记忆の爪牙
圣都ラボナに留まっていたミリア达の前に、ディートリヒが现れ、イースレイが深渊喰いに倒されたこと、ヘレンとデネヴが西の地に向かったことを知る。一方、西の地でクレア一行はダフと遭遇してしまうが、何とか逃走することに成功する。その后、クレアはラファエラに会うために単独でリフルの根城に向かう。リフルとダフを外に诱き出したクレアはルシエラ×ラファエラの元に辿り着くが、そこで気を失ってラファエラの精神世界に入り込んでしまう。精神世界でラファエラを倒したクレアは彼女の记忆と感情を受け継ぐ。
それと同时に、现実世界ではついにルシエラ×ラファエラが目覚めた。それを远くから见ていたリフルとダフの元に深渊喰いとアリシアとベスが现れ、戦闘が始まった。その戦いの最中、ルシエラ×ラファエラが各地に断片を発射する。ヘレンとデネヴと合流したクレアは、覚醒者と化した断片と戦い、リフルは断片が命中して重伤を负ったダフを连れて逃げるが、深渊喰いに追いつかれてしまう。その时、深渊喰いはベスが断片に贯かれたために暴走したアリシアの手によって全灭する。