人体肠道至少含有1014种细菌，有数百到数千种不同的物种，它们与宿主和谐共存。这种肠道菌群或微生物群在维持个体健康方面的作用越来越受到重视。
微生物群的组成受到抗生素使用和某些疾病的显着影响，导致微生物失衡或“生态失调”。粪菌移植是将粪便及其相关微生物组从“健康”个体转移到受体，以纠正生态失调并恢复平衡。
粪菌移植并不是一个新概念，它在文献中首次被提及是在4世纪，当时葛洪描述了口服粪便悬液治疗严重腹泻或食物中毒。
在过去的几十年里，人们对粪菌移植的兴趣再次增加，这在一定程度上与自闭症及艰难梭菌感染的日益流行和为那些患有严重或难治性感染的人寻找更好的治疗选择的愿望相平行。
为什么对自闭症进行粪菌移植？
研究显示，肠道菌群紊乱是导致自闭症的重要原因，自闭症儿童出现严重的胃肠道症状，会进而影响行为。改变自闭症儿童肠道中的微生物环境可以大大降低自闭症状的严重程度。粪菌移植目前已被临床医学指南及共识推荐用于治疗自闭症、慢性便秘、腹泻、肠易激综合征和炎性肠症等肠道功能性和器质性并，以及精神疾病系统（自闭症、焦虑、抑郁症和帕金森）、代谢系统和肿瘤免疫等疾病的治疗。
现在儿童自闭症用传统的方法不好治疗，它的发病机制、原因是多方面的，所以需要多种方法联合治疗。粪菌移植是唯一被国内、国外有专家治疗数据显示有有效及安全的。
一般，自闭症儿童的肠道微生态一定是被破坏的，肠道微生态菌群种类是不完整的，粪菌移植是重建孩子肠道微生态唯一的方法。