复合季铵盐主要是阳离子通过静电力、氢键力以及表面活性剂分子与蛋白质分子间的疏水结合等作用，吸附带负电的细菌体，聚集在细胞壁上，产生室阻效应，导致细菌生长受抑而死亡。其实这两种的成分都具有广谱的杀菌作用。
以复合季铵盐为主要成分，突破传统免洗消毒洗手液含有酒精成分的限制适用范围更加广泛，用无醇免洗手消毒凝胶洗手时，要把足以涂够双手分量的洗手液挤、喷在手心，并按7步洗手法揉搓手背、指尖、指背、指缝等部位，包括手腕，直到双手干透，这个过程至少需要20秒，一定不要用纸巾擦干洗手液，正确使用才有效！