因为受到谜一样的男子的委托，小五郎和柯南他们一行人来到了横浜。
可是，不慎落入那个男子设下的圈套，兰和少年侦探团成为了人质。限时12个小时。
如果在12个小时里，无法解开委托的事件的真相，安装在兰他们身上的炸弹就会爆炸。而且，那个男子知道柯南就是工藤新一！
“关西高中生侦探”服部平次和怪盗KID也将登场！！
限定的时间一步步逼近。柯南他们能否解开事件的真相，及时将兰他们平安无事地解救出来！？
那个谜一样的委托人，黑色身影的真面目是…