PCR测序实验室整体设计方案的关键就是如何避免污染,一般会建设四个区域:实验准备区、制备区、扩增区和分析区。人流出入实验室区域采取单向流动的方式可以降低交叉污染风险,为了保证人员在各个区域是单向流动的,可以通过不同的工作区域穿着不同颜色的工作服来区分。物料进入实验区必须先消毒,经过双扉互锁传递窗进入;实验室内物料也必须经过传递窗才可以传递到实验室以外的清洁公共区。常见的PCR实验室压差设计是在各实验区域之间形成气压的单向流动,空气压力从试剂准备区向产物分析区呈逐渐递减趋势。但是如果只在四个实验区之间形成气压差,只能达到“防止外界的空气进入实验区”或者“阻止实验区的空气流出”这两个效果中的其中一个效果。
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