这里我要纠正一下2楼的观点,有主角视角的由岐均是新由岐,其余均为旧由岐或者说是曾经存在过的由岐本人。
首先是すかぢ'S在《素晴らしき日々~不連続存在~公式ビジュアルアーカイヴ》里对水上由岐的评价:
人物的原型是《終ノ空》的水上行人。还记得当初是想着“间宫卓司所崇敬的人物会是怎样的呢?”来设计的造型。虽然这么说,但是从初期的《終ノ空Ⅱ》的企划到后来的《素晴らしき日々》中的重新设定之后,相互之间其实也没有什么共通的角色性了。DOWN THE RABBIT-HOLE中登场的由岐和Jabberworky后登场的由岐是不同的。但是考虑到这种设定会与“自我同一性”有矛盾。话说之前一直对实体二元论批判非常中意的我......好了好了,与角色说明无关的事还是不谈了(笑)。

“DOWN THE RABBIT-HOLE中登场的由岐和Jabberworky后登场的由岐是不同的。”
这句话很明显表明序章、第一章的由岐和第四章及以后的由岐是不一样的。
其次,对素晴日FVHD版的解包可以发现,序章和第一章的时间文件命名与第二章、第三章TE和GE的分类一致。
序章

第一章

第二章

第三章

由第二章和第三章可见出现分歧后的日期会有两个文件,对应两个不同走向的结局。
而序章和第一章正篇剧情的分歧也恰好从7月12日开始。