感觉大家好像对这个不太感兴趣，稍稍分享一下我自己的发现吧
下图是CD版的永远的伊苏2与DVD版的永远的伊苏2的游戏本体碟的区别


可以看见CD版估计因为容量问题一共有两张碟，一张Install Disc（安装碟），一张Game Disc（运行碟），而DVD版只有一张Game Disc
下面是空轨CD版和DVD版的对比

可以看到因为空轨的发售年份比永远的伊苏要晚很多，容量必须要四张CD才能容纳（图1右下角的彩色包装里有四张碟），而DVD仍然是一张
总结：估计这种现象的发生原因是Falcom想照顾当时还没有DVD光驱的电脑所以采取了两种媒介。在经过考察后我发现我一楼说的有问题，实际上除了游戏本体以外，游戏内的其他内容物好像差别不大。所以想收藏的朋友大可以选择两版中的一版，各有各的好处（DVD版更简洁，CD版的光盘则一般更精美）
最后想问问吧里的收藏大佬 @欧库托姆的请求 是怎么想的，我有点怕自己说错了对吧友造成误导

很正常的现象啊 因为那个时代dvd光驱很贵啊 一般电脑都是cd-com

事实上，在那个年代日本的PC游戏商大多是会同时发行CD版和DVD版的，时间大约是在2000年左右的时候。
估计还是因为此时DVD驱动器比较贵，当时的PC还是配置CD-ROM的居多。

差不多楼上吧友都说了，就是两代设备过渡期间同时满足两类玩家的策略。
你可以类比现在的新游戏往往有PS4,PS5双版本，或者早几年荒野之息同时有wiiu，ns版本那样。
同步发售一般就是这样。异步的话可能还有些冷饭商法、冷饭加料商法、甚至逼死全收集强迫症商法在里头。
那个年头FALCOM就经常这样么，同一个游戏，windows每更新一个版本，它就打着“兼容”的名义给你炒一遍新冷饭，什么XP版，vista版，win7版。不过后来主营业务转向主机（掌机）后就消停了。
所以我从来没想过全收集falcom，没钱，没地方，而且关键是着了FALCOM的道，智商受到侮辱。。。。
话再说回来，DVD版和CD版的内容基本一致，但有时候附件是有差别的。
譬如海之槛歌


你可以注意到，DVD版的，不管是游戏还是CD，盘盒都是有封面的（第二张图的右上和右下）。而CD版的都是无封面的（第一张图左）。
因为我这两张CD买来都是没拆过，所以可以推定肯定不是卖家给弄丢了什么的，而是本身就没有。
然后国内的话，有一种情况，就是魔唤精灵。VMJAPAN

这张图里的下左，下中都是普通版的游戏碟，是CD。而下右是豪华版版的游戏碟，是DVD。
可能当时光谱代理进来的时候考虑到会买豪华版的玩家一般家里有dvd光驱的居多，所以豪华版就采用了DVD，而普通版的消费者可能还是有很多家里没有DVD的，所以就采用了CD。
当然我想光谱可能也有点小心思，觉得我们光盘印刷得好看，而且DVD和CD的盘面还是成套的，没准就能诱惑强迫症玩家同时购买双版本呢？——厂家会有这种想法在当年其实也蛮常见的。
一般来说我是无视这种商法的，随便挑个版本买就是了（习惯上我一般买DVD版），少数例外都是有各种原因。譬如我买VMJAPAN普通版的时候根本不知道这玩意竟然有豪华，等在商场看到货架上的豪华后觉得心痒痒的就又多入了一份。海之槛歌则是因为原本那盒少了张背纸，后来补了一份后才知道DVD版和CD版的背纸是不通用的而且还有盘盒封面的差别。。。。
说到这个，我倒是想起来05,06年的时候娱乐通论坛上还有很多玩家催促娱乐通可以把游戏换DVD介质了，但是娱乐通还是守在CD ROM，由此可见当时的DVD光驱普及情况了。

因为DVD还没有普及。。。。

通过在mercari的观察发现海之槛歌的游戏本体确实都是没封面，但是CD有些有封有些无封，很奇怪

就我上文说的“话再说回来，DVD版和CD版的内容基本一致，但有时候附件是有差别的。”有朋友私聊给我做了些订正，因为答主不用贴吧所以我这里代他转发一下，楼主可以作为参考：
确实是基本一致不过还是有区别的。首先最明显的一点区别就是DVD版音质更高。CD版受到容量限制必须控制在640MB以内，音质被压缩了。因为那个时候F社的音乐都是MIDI为主，由于MIDI的特性在不同的机器上播放效果不同，所以官方使用的音色就是个问题，好一点的比如KONAMI会告诉你用什么音色，F社嘛……因为那时WAVE是MIDI转录的也就是官方正统钦定的MIDI播放样式。
还有就是CD版比较接近原始版，有些东西只有这个版本有后续版本消失了。最典型的就是ED5的DEBUG模式，只有CD版有办法开启，后续版本都被移除了。（打上补丁后也没法进了）

个人感觉就是抢占多一个货架位置的营销策略，因为DVD光驱兼容CD光盘，无非就是安装的时候换盘而已