任何事情都是一分为二的，尤其在医学领域，治病的同时可能会产生一些副作用，如药物的副作用，手术留下疤痕等，相比之下，正畸治疗的副作用是很轻微的，而它的治疗效果却是显著的。
（1）对牙髓的影响：在治疗初期，牙髓内产生轻度的、暂时性的炎症反应，表现为患者在加力的头几天内有疼痛或不适感，但实验证明，这种影响是没有临床意义的。
（2）对牙根的影响：牙齿矫正时，牙根表面也发生着吸收、增生这种重建活动。治疗后，牙根凭着自身修复能力而恢复正常，但如果治疗中加力过大，会增加牙根吸收的危险性。
（3）对牙槽骨高度的影响：做过正畸治疗的人，牙槽骨高度都会有少量的降低，这是由于戴矫治器使口腔卫生不易保持，增加患牙龈炎的机会，对牙槽骨有一定的影响，在治疗完成后，牙槽骨不会再继续发生吸收，如果口腔卫生保持好，牙槽骨会逐渐恢复正常。
（4）牙齿变松动：在正常情况下，每个牙都有一定的生理动度以便能缓冲咀嚼压力，防止牙齿受创伤。在做矫正治疗时，牙齿松动度增加，这是正常反应。但牙齿矫正到正常位置停止移动后，牙齿能够能通过自身的修复能力变稳固，不会发生永久性损伤。如果临床上发现牙齿松动度太大，应暂停加力，让其恢复段时间后再继续加力。
　注意，正畸治疗必须由正畸专科医师进行，一知半解就盲目给患者矫正会造成一些意想不到的严重后果。在这方面是有很多沉重教训的。