在气温和水温变化较大的季节，大菱鲆工厂化养殖中最常见并且危害最大的疾病是腹水病和肠炎病，每年的春季（3-5月份）、秋季（10-12月份）都是高发季节。
大菱鲆肠炎和腹水病的病原菌主要有鲨鱼弧菌、大菱鲆弧菌和爱德华氏菌，发病初期的大菱鲆摄食量下降，反应迟钝；随着病情的发展，体色逐渐发暗，肾脏逐渐成灰白色，异常肿大，多处出现溃疡性坏死，不久后就会出现停食，开始死亡；在低温时发病表现呈持续少量死亡，当水温超过18℃时开始大批量的死亡，死亡时间多为喂食后2-4小时内。
肠炎病的发病原因
1、养殖密度过大引起的肠炎病
一次性进苗太多，随着小鱼苗逐渐长大，空间越来越少，养殖密度过大，如果管理不到位，水温一升高，稍微不注意，鱼就容易患上肠炎。
2、溶氧不足引起的肠炎病
鱼体增大，对于溶解氧的需求更高了，而水温越高，水体的含氧量越低，如果溶解氧达不到7毫克/升，鱼就容易犯肠炎疾病。
3、改口喂鲜杂鱼过早或喂不新鲜饵料
改口喂鲜杂鱼过早或喂不新鲜饵料，容易引起肝胆类疾病，在三两之前就改喂面条鱼（大菱鲆长到7～8两的时候，极易出现肠炎、腹水，而此时的肠炎和腹水多是肝胆类的疾病！）
4、鱼长时间处于应激反应或强应激时
鱼长时间处于应激反应或强应激时，也容易引起肠炎病。集约化养殖中大菱鲆的应激反应是不可避免的，养殖用水浑浊、溶解氧含量较低等，使鱼较长时间间断或连续的应激反应时，就要特别注意鱼的肠炎病和腹水病的发生。
如何做好防控措施
1、做好预防工作
养殖期间定时观察鱼体、粪便，适时使用Vc、幸福100等产品，增强抗应激能力，减少由天气变化、换水、换料等因素引起的应激反应，降低养殖风险,改善饵料系数。
2、注意投喂摄食
长时间不正常摄食的状态下机体对病害的抵抗力是很弱的，并且养殖环境的剧烈变化也很容易受到病菌的侵人，这时应拌料投喂丁酸梭菌和幸福100，促进肠道细胞再生和修复，肠道增粗，肠壁增厚，抑制肠道炎症发生。
3、弧菌致病菌
弧菌等病原菌在肠道中大量繁殖，会引起消化道发炎而导致病变，引发肠炎。在改善养殖环境的同时，应及时通过外泼、内服乐畅和活力多，有效预防和减少水体及水生动物体内的弧菌，使未染病的保持健康，发病但仍吃料的逐渐恢复。