《天学初函》分为理、器二编，说明明儒对于西方文化的分类，是以形而上和形而下来划分的。这种分类实际上秉承了中国文化传统。《易经·系辞》曰：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”
在形而上的《理编》中，明儒重点译介了基督教神学和西方哲学。最早将西方学科分类系统介绍到中国的是艾儒略的《西学凡》， 因此《天学初函》将《西学凡》置于理编之首。《西学凡》首次简略但却系统地把西方学科的分类介绍给中国读者，分为6科：文科、理科、医科、法科、教科、道科，展现了西方文化的系统性。