导致子宫内膜厚度变薄的因素众多，包括内分泌激素水平失衡(如孕激素不足、雌激素水平偏低、或是生长激素缺失等)会影响子宫内膜的厚度，造成内膜变薄。
此外，子宫疾病/畸形也可能会造成内膜厚度发生变化，使之达不到移植的要求，从而影响女性妊娠。