《日本汉文史籍丛刊》拟收书500余种，分为纪传、六国史（正史）、编年、纪事本末、传记系谱、杂史、地理、外纪、职官、政书、史表、目录、史评十三大类。大类以中国史书分类法为主（唯外纪从地理类独立出来），小类偶尔参照日本史书分类法。各书的归类一般以史体为准，但有少量的书（主要是外纪、杂史的佛教和神教）则按所记内容归类。六国史（正史）虽亦为编年体，但与一般编年体史书有别（相当于中国的正史与别史的区别），故六国史与编年体区分为两类。
全书约变为一百七十册（16开），陆续影印出版。一般是将两个筒子叶缩印为影印本的一页。