现在国内外都是实施粪菌移植用于肠道疾病计划，选择供体是一项很严峻的挑战，在有很多患者没亲属关系的供体情况下，粪菌供体资料可以放在肠菌银行，可以为将要进行粪菌移植的医院提供支持。
值得在意的是，理想的粪菌供体应该是健康的志愿者，没有感染或其他慢性疾病的危险因素，并且愿意在需要的时候就可以捐赠。由于筛查的复杂性和成本，有的医院就放弃粪菌移植，但是现在富玛特就建立了国际标准化肠菌银行库，可以为个人或各大医院提供选用。
筛选健康供体有两个主要工作，即初步采访和实验室检测，初步采访是采用问卷调查的形式进行的。该问卷调查排除了集中风险因素，以最大程度地降低转移感染或不利肠道菌群特征的风险。考虑到年龄增加与肠道菌群组成的改变有关，建议最佳供体对应于年轻个体最好是小于50岁，而老年菌群可能产生负面影响。
除此之外，供体者必须要做血液和粪菌检测，排除可通过谷底粪便传播的传染病，粪便测试应包括常见的肠道病原体，粪便测试应包括常见的肠道病原体，艰难梭菌，粪便寄生虫和幽门螺杆菌抗原（这最后一次检查仅适用于粪菌移植的较高途径）。肠道病原体也必须在无症状的受试者中进行研究，应使用常规方法（培养，显微镜或抗原检测）和/或通过分子诊断（基于PCR的检测方法）进行检测，该方法与常规方法相比具有较高的特异性和敏感性快速检测病原体的方法。此外，必须对所有粪便样品进行抗生素抗性细菌（包括耐甲氧西林金黄色葡萄球菌）测试（MRSA），耐万古霉素肠球菌（VRE），广谱β内酰胺酶的肠杆菌科细菌，和耐碳青霉烯类肠杆菌/碳青霉烯酶产生肠杆菌），考虑到在无症状患者胃肠滑架的负担和粪菌移植后败血症相关的一些严重不良事件的报道。
最后，如果所有血液和粪便测试均为阴性，则应聘者将成为粪便供体。特别是在粪便库计划中，随着时间的推移，应该可以在许多场合使用捐赠者进行捐赠。因此，建议每8到12周重复一次筛查测试，并在捐赠的同一天进行简短的问卷调查，以检查是否有近期发生的有害事件。
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