从t1.suggestive.txt的文件中有提出的位点信息,第一列是染色体号,第三列是在染色体上的物理位置;
Gallis_6.gff.txt文件中是注释信息,第一列是基因名,第二列是染色体号,第三列是基因的起始位置信息,第四列是基因终止位置信息。
目前想根据位点的信息,通过染色体的匹配和物理位置的范围匹配,得到位点是在那一个基因内部的信息。由于量过大,无法在EXCEL中完成,在查询了awk语句的信息之后,写出如下语句,但还是无法匹配成功。
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR==FNR{a[$1]=$1; b[$1]=$2; c[$1]=$3; d[$1]=$4} NR>FNR{if($1==b[$1] && $3>=c[$3] && $3<=d[$4])print $1,$2,a[$1]}' Gallus_6.gff.txt t1.suggestive.txt >t1.annotation.txt
请大佬们指教!!!


Gallis_6.gff.txt文件中是注释信息,第一列是基因名,第二列是染色体号,第三列是基因的起始位置信息,第四列是基因终止位置信息。
目前想根据位点的信息,通过染色体的匹配和物理位置的范围匹配,得到位点是在那一个基因内部的信息。由于量过大,无法在EXCEL中完成,在查询了awk语句的信息之后,写出如下语句,但还是无法匹配成功。
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR==FNR{a[$1]=$1; b[$1]=$2; c[$1]=$3; d[$1]=$4} NR>FNR{if($1==b[$1] && $3>=c[$3] && $3<=d[$4])print $1,$2,a[$1]}' Gallus_6.gff.txt t1.suggestive.txt >t1.annotation.txt
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