个人对剧情推进的看法有些许不同,这里说点自己的推测。不过早期的部分剧情可能有点记不清,搞错了就权当供各位一乐了

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哥斯拉本身是高纬超级计算机在低纬的投影,那骨架也可以看作是“被击败后的哥斯拉超计算机”的投影。而最早的投影可能是带红尘的特殊水母。苇原发现了水母并研究了红尘后发现可以用来制造超级计算机,然后在印度的地下红湖里捞出来了奇点,同时哥斯拉骨架投影出现(这里再大胆猜测一下,这个奇点可能就是最早的哥斯拉超计算机。灯塔水母在死后会将自身化为水螅体重新开始生命周期,对应哥斯拉的死亡与新生)。利用它苇原开始计算未来,但发现了“破灭”的存在。此时佩罗2号携带的歌曲送到,苇原解析后发现了破局方法,于是设立电波观测所看守骨架,并留下了操作手册。之后借事故失踪脱身,待破局后用备份好的奇点计算机(软件。佩罗二号也说过好几次备份的事了)与骨架(硬件)组合出完善的超计算机(机械g)。而未来的杰格和佩罗二号发送回来的信息则在正片开始前不久由骨架接收,旧宅闹鬼事件发生,正片开始。
剩下的比如多年前大泷老头突然开始自造喷射杰格的原因等,等第二季看会不会填坑了