生物有机肥料除了含有较高的有机质外，还含有具有特定功能的微生物（如添加固氮菌、磷细菌、解钾微生物菌群等），具有养分完全、肥效稳而长、含有机质较多，这是此类产品的本质特征。生物有机肥料具有增进土壤肥力，转化和协助作物吸收营养、活化土壤中难溶的化合物供作物吸收利用等作用，或可产生多种活性物质和抗、抑病物质，对农作物的生长具有良好的刺激和调控作用，可减少或降低作物病虫害的发生，改善农产品品质，提高产量。

生物有机肥料本身矿质营养元素含量较低，纯粹的生物有机肥氮、磷、钾总量通常不超过百分之十,有些农民朋友不了解这一点往往只施这一种肥料，结果使生长季中后期发生脱肥现象。微生物的生长繁殖需要消耗有机物质已提供所需的能量和营养，所以在施用生物有机肥料的同时，应增加有机肥、农家肥的施用量，生物有机肥料与有机肥混合后做基肥施用。生物有机肥料在存放过程中，菌体处于休眠状态，当施入土壤后，如温度、湿度、营养等环境条件适宜，微生物便开始大量生长繁殖。但如果与化肥、石灰、杀菌剂一起施用会杀死解除休眠状态的菌体，达不到原本施肥的目的。