玩家开的是上帝视角，在玩家眼里地球是地球拜多是拜多...但是已经变成拜多却仍然还按照自己是人类来行动的主角及舰队，认知已经异常了...我们并不知道在他们看来，地球也好超文明也好到底是个啥样子...

异文明，太阳使者本人找不到资料，也不好推敲，只能YY一下：主角提督等人打败了之前的提督：孕妇战舰，然后在琥铂色的宇宙打爆守望之眼，主角等人被吸入BYDO空间，被同化成了BYDO体：猫型生物。然后认知异常的提督众人依然认为自己人类，于是开始回家，随后它们遇到了野生化的BYDO群体，比如第一个星球原话好像是“美丽的都想在这里居住下去”之后它们打爆了各个环境下自然进化的野生种群的BYDO，并且将其吸纳，然后在这个平行世界（因为有几个LEO之类的关卡凑数）它们遇到了战斗文明，可能是之前战斗中逃跑的那个移民飞船的后裔，拥有类似R战机的合体系统和日文标识的称呼，超文明的家乡因为超新星爆炸而毁灭，所以这不是它们要找地球。之后它们为了摆脱超新星爆炸而跳跃，从而穿越时间，看到了不同维度多元世界的R战机世界的战争，最后撬开了一个出口来到了银河系内（怎么感觉和R3代有点接壤），但是这里的地球已经腐朽并且毁坏严重，连它们自己都认不出来了，而面对残存的人类，它们认为这是超战斗文明，随着一场激烈的战斗，人类联合军被彻底打败。然后“和现实科技认知迥异”构成的太阳使者进行决战，而太阳使者卫兵似乎是从BYDO空间里出现蚕食一切残骸的一种既不是BYDO也不是人类更不是异文明的物体，可能是太阳化身之类的东西吧，具体资料里也没说是什么，可以理解为自然的神格化产生体之类的，IREM社的游戏本人翻遍了也没找到这玩意类似的东西，，最后提督舰队大战太阳的使者，并且击败了它，然后可能了解到了自己已经超过自然管控力了，独孤求败还是无法自控，于是自毁了舰队。但是这里有个很大的问题。
1，如果说这一切都是开场牵牛花找到的资料的回顾，但是这里有个BUG，找到的战舰是人类的，里面有类似LEO的BYDO因子，但是玩家操作确实是BYDO体舰队……没有人类战舰。
2，如果说这个故事是回顾，但是当时采集资料的时候内战才刚开始，到底谁先谁后在时间悖论中真不好定论。
3，在玩家回家的时候，地图是完全颠倒的，可能暗喻逆世界或者镜像世界，也可能是平行时空，在战略版开始的时候，F期间的就有多元空间的设定在游戏里出现了。F2的WB关卡7.0也暗喻了这种多元世界的存在。
4，按照一些资料可以得知“R-F的全部结局都是存在的”也就是说“没有所谓的真结局，假结局，好结局和坏结局。”所以本人更相信提督在BYDO化后在战争背景的关卡看到了R战机的多元世界，并且来到了一个平行世界时间悖论的地球圈。
5，太阳使者和太阳使者卫兵除了基本介绍外，任何地方都搜不到相关资料，只能知道在过场动画里这些卫兵从BYDO空间琥珀色的宇宙等地方的无数残骸中诞生出来，到底代表的什么只能靠YY和脑补了。

个人对这部作品的解读：RT2的故事和以往的很多作品有一些差异，主要重点是从典型的人类对抗邪恶而改为了对人性，战争，本性，以及利益的深思。RT2研发时期刚好日韩朝美都不稳定时期，隔壁一个搞核实验，一个闹着组军队，自己这边搞擦边球直升机航母下水……2009年啊。
所以RT2对战争的思考比之前的任何一部都要深刻，游戏分为三大部分，第一部部分是内战篇，玩家选择抵抗军或者联邦军，前者是较为人性角度，后者则是着重利益角度，无论哪一方理论上都没有错，就像现实，谁都想放弃核武，谁都怕核武，但是没核武你就在国际上没啥威慑力，大家都希望有核武，至少这样还比别人高人一等，合金装备5里其实有着一样的写照。而为了能让这件事停下来，无非就是准备第三方来折腾主角，不管玩家选哪一方，都会获得BYDO技术……最快的时候在打基地的场合丹特利安就已经配备了………玩家不得不接受使用BYDO技术武装自己阵营的现实，何况BYDO再次来袭。
第二部分无非就是远征军打BDYO的老套路了，这次BYDO的剧情相对之下少了很多，甚至可以说和“邪恶”根本不搭边，无非就是以前的那位提督回家了，被打回去了，然后不明真相的新提督带着自家舰队将其追杀。BYDO完全只是一个路人甲，甚至可以说是为了剧情而硬给拉出来的，玩家亲手杀死了之前的自己，玩过T1的都会有些刀片感吧，T1提督只想回家而已，在进入城市后没有攻击过一次，面对联邦军的攻击也没有反击，而是选择了逃跑。玩家就这样，杀死了之前的主角，看着自己傻瓜一样的提督依然还以为自己成为了自己的偶像，实际上，他根本不知道自己杀死的就是自己的偶像，而且马上就要步入他的后尘。
第三部分大家都变成了喵星人，作为BYDO开始返程，但是这次不单单只是打回来，作为提督的主角在对话里不断的谈论到人类的定义和本性，BYDO的定义和本性，因为认知问题，在几个凑数关卡和战斗文明的战斗中，作者给大家呈现的不单单是BYDO回家的思念，更多的是对人类的定义的思考，以及人类对战争技术的贪欲，比如机械胡哥，丹特利安保护的实验室，还有战斗文明的技术，相对之下，个人感觉还有一些厌恶感。游戏结局时候是已经到家了，主角在镜像关卡里来到了腐朽港口的城市，在雨幕的山岚全灭了地球部队，不过这样的地球已经没啥意义了，因为已经不是提督心中的家乡，人类的本质就只能被认知成战斗文明，这也不是提督心目中的人类本质，于是一切幻想破灭（怎么有种克苏鲁世界观的真相和结局并不是那么重要的感觉），主角万念俱灰去太阳上自焚，却遇到了神秘的太阳使者，最后虽然全灭，但是介于标题叫不灭死神……可能连死亡这种奢求都是幻想了。
另外个人对太阳使者和卫兵的解读就是太阳代表了自然界人类最为基础和原始的信仰，理论上来说太阳也是万物诞生的源泉之一，而它给与了地球生命时候，就从最基础的层面上寄宿了属于生命的诅咒，或许生物不能永恒就是其中之一，新生却无法继承过去，过去总会消亡，简单来说，不管你多么辉煌，多么聪明，多么强大，多么XX，你都难逃一死……（我个人认为用诅咒来形容比较恰当），在原版剧情中有这么一句话，夕焼けに染まる文明の跡を越え、夜明けを迎え、光を手にしても、それでもなお悪夢は終わらない。
翻译：即使你穿越了被夕阳所染红的文明痕迹，到达黎明，获取光明，噩梦也永不结束！这句话的含义是说主角去太阳上自焚是一种升华解脱，但是结局却无法解脱（不灭之死神）。如果配合关于ED2中出现的大量残骸转变为太阳使者卫兵，个人感觉可能所谓的噩梦并不是像是F里特指的是BYDO，而是作为生物的诅咒，在人类和BYDO拼个你死我活的时候，属于太阳赐予生命最为底层的基础的一种力量开始发作了，无数的太阳使者卫兵从残骸中滋生了出来，这只是因为人类和BYDO科技而导致的这股力量的具现化造型（一个宝石海星带着一堆火蜂，你任天堂的？只要控制一颗恒星就可以控制一个太阳系……嗯……任天堂是世界的主宰！）而主角代表的BYDO可能是新一代的人类生命形式，是人类进化升华的代表，甚至可以重新定义人类的概念，不过即便如此，也无法逃脱更为强大的诅咒：轮回和时空悖论。（人类总是重复着相同的错误，历史总是惊人的相似，教训总会被遗忘灾难会再度到来。）

可以这样认为：2代拜多剧情舰队两个分支，其中一队被太阳使者升华了，另一队从深眠中苏醒后打败了异文明和太阳使者。