“虽然我统治了这个世界，但······我却没有什么实感。”
“尽管你没有什么实感，但······你必须要统治世界。请相信我的力量。”
“嘛，累了的话，在我面前还是一样的咯，非你不可为的原初使命，慰悲赎罪什么的，真是麻烦来着。”

第二帝国的组织，以叶火为顶点。她被尊为“人神”——这一由原命之子重新发现（也许是创造）的概念，目前已在全世界得到普及，同时她也拥有克里亚特第二帝国的皇帝称号——第一帝国时期的神子并没有凡俗的君主称号，这也体现出第二帝国要世俗化很多。
守护廷除了原命之子以外的成员，以及帝国的文官，都尊称她为“女皇陛下”，原命之子的教职人员则称她为“冕下”。
虽然拥有至高无上的地位和力量，但由于性格和能力缘故，叶火甚少亲理事务。第二帝国的权力主要由帝国内阁和守护廷执掌。
帝国内阁由文官组成，其首脑为首相，负责管理帝国直辖领地的殖民开发与管理工作，主持协调各国对废墟之地的利益分配，处理帝国与各国的宗藩关系，并协调各国一般的纠纷。由于其工作性质与领域所限，与玩家一般不会发生太多交集。
守护廷统领帝国军务并负责世界各处要害之地的安全，此外原命之子教会也归其领导，第二帝国的大多数公权力职能都由其掌握。守护廷的领导者称为总监，由宗师担任。在叶火垂拱而治的情况下，宗师扮演了近乎摄政的职责。

守护廷有四名天启与十二名守护使。第二帝国的天启不再根据数字排座次，而是以不同的封号区别，四名天启分别是：武天启-秦胤（绰号“宗师”），剑天启-叶凌谭，流天启-理想流体，法天启-真正的魔法师。十二名守护使中，有6名是接受克里亚特招募的旧日强者，分别为：玛格丽特、麒麟院、普拉提特、塞顿、继国院、西西莉亚，此外还有6名在这15年中守护廷选拔和培养的新生代嫡系强者，总得来说实力并不弱于6名旧人。这6人以及其他新生代强者另有专章介绍。
守护廷内设有三大军团（强者部队），猎魔人和原命之子五个组织。
第一军团负责镇守西方没落遗迹，防范树莓流星和庞大的机械军团，监管艾尔德里奇，并主持对艾尔德里奇的应用技术的消化与利用工作。这一军团的任务最为艰巨繁杂，由宗师亲自统领，第一军团内有两名守护使，普拉提特和玛格丽特，中下层强者数量在三军团中最多，多数中层强者为第二帝国的嫡系，且配有大批没落骑士小队，法师幽灵和巨兽，此外，艾尔德里奇的军队也接受第一军团的指挥。
第二军团负责镇守在克里亚特城的内层（禁锢全体废墟生物）和外层（一小部分被开辟为第二帝国的首都，大部分地区仍在荒废中）之间，以及守望启动点。该军团由理想流体统领，它化为云雾，隔绝皇城内外，并时刻看守着启动点。第二军团内有一名守护使麒麟院。第二军团的中下层强者数量在三军团中最少，但大半的没落生物仍在此地，它们由叶火直接号令。
第三军团负责镇守全世界各地的地下魔脉节点，并通过依托这些节点建立的监测网络，监视世界各地的异常魔力波动（主要作用是在光明与死亡力量重临后尽快发现其存在与位置）。该军团由三名新生代的嫡系守护使统领。他们拥有较多的中层强者。第三军团的军团长“御空骑士”安道尔夫·察拉是一名龙骑士，是宗师最为赞赏的手下。
近20多年来，魔物与非人智慧种族的数量不断增加，而且活跃度和实力大幅度提升。因此，第二帝国设立了猎魔人组织，由剑天启叶凌谭统领，宗旨是替人类剿灭魔物与和人类为敌的智慧生物，保护人类的安全。这是一个自由度较高的组织，继承了冒险者公会的许多传统与人员，只不过拥有官方背景，拥有较为完备的组织体系以及属于自己的人才培养机构。猎魔人成员被称为“猎人”，其中有2名守护使，为继国院和西西莉亚。
在第二帝国建立后的三四年后，民间逐渐产生了以叶火为崇拜的信仰。后来，在守护廷的支持下，这种信仰结合了许多人们此前从未知晓的创世神话与第一帝国建立到没落的历史，形成了一套以人神崇拜和原悲，原罪，原命，人神与四神之约等理论为核心的完整的信仰体系。在第二帝国建立的第5年，原命之子教会成立。这一教会满足了第二帝国构建统治合法性的需求，因而很快发展壮大。不过，由于叶火对扮演“神”的角色不感兴趣，而且第二帝国的统治者们也都经历过第一帝国末期那极端的神权时代，担心重蹈覆辙，因此原命之子教并未在世界范围内广泛扩张，只是成为了守护廷与帝国政府成员中的主流信仰（也并非强制）。教会除了塑造信仰之外，还充当了帝国政权机构内的“监察者”和“宪兵”的角色。教会由三名新生代的嫡系守护使统领，其中教会的牧首开罗尔·保罗被称为“首席守护使”，拥有独特的“枪炮师”战斗方式。