理解狗的关键色素基因其实很简单:狗(以及大多数其他哺乳动物)的毛色只有两种色素基因。而色素是赋予每根毛发颜色的东西，就像颜料或染料中的色素，或者你的头发或皮肤中的色素一样。狗的所有毛色和花纹都是由这两种色素形成的，这两种色素都是黑色素的形式。每一种色素都有一个“默认”的颜色，但它们还可以被不同的基因修改。
黑色素在几乎所有动物的颜色中都起着重要作用，甚至人类也是如此。深色皮肤的黑色素细胞密度较高(产生黑色素的色素细胞)，而浅色皮肤的密度较低(或者在某些情况下，黑色素细胞有缺陷，减少了它们产生的色素数量)。
第一种色素是真黑素。这种色素有四种色调形式，黑色、蓝色、伊莎贝拉色和肝色
真黑色素是一种默认的黑色色素，狗身上所有的黑色区域都是由产生真黑色素的细胞形成的。然而，也有一些基因能把真黑素变成其他颜色，比如肝色(棕色)，蓝色(灰色)，伊莎贝拉色(灰褐色)。如果一只狗拥有将黑色真黑色素转化为肝色、蓝色或伊莎贝拉的基因，那么它所有的黑色皮毛都会随之改变。这是因为这些基因限制和改变(亦或限制或改变)真黑素的产生，所以没有一个细胞能够产生完整的色素。因此，我们把蓝狗和伊莎贝拉狗叫做“稀释狗”。
除了皮毛，真黑色素也存在于狗的其他需要色素的部位。最明显的是眼睛(虹膜)和鼻子。鼻子会是黑色、肝脏色、蓝色或伊莎贝拉色，这取决于狗能产生的真黑色素的类型。虹膜的颜色是由几层色素产生的，而大多数狗狗(和许多人一样)的棕色眼睛是由这些层中的黑色真黑色素造成的。当狗改变或限制了真黑色素的产生时，虹膜内也无法产生全效真黑素。这意味着眼睛中的深色色素会变浅，眼睛会变成浅棕色，也就是我们所说的琥珀色或金色。虽然我们在人类虹膜中找不到这些种颜色的眼睛，但技术层面与之最接近的是淡褐色的眼睛，它是绿色和棕色的混合物，所以看起来比普通的棕色眼睛要浅。
这些现象显示了真黑素的颜色变化。黑色是默认的状态，它可以通过一组基因突变成为肝脏色，黑色和肝脏色还可以通过另一组基因控制机体将它们稀释成蓝色或伊莎贝拉色。蓝色是由黑色稀释而来的，伊莎贝拉是由肝脏色稀释而来的。而从技术上讲，肝脏色并不是稀释的产物，它是由色素结构的变化引起的（这个问题，我们会在后期的进阶篇中再介绍）。
当我们谈论狗的“黑色素”、“肝色素”等时，我们指的是狗能产生的真黑素的颜色类型。而有时这些狗的皮毛中根本没有真黑素(它们的皮肤细胞只产生另一种色素，褐黑素)，这时我们通常可以通过观察它们的鼻子来判断它们的真黑素类型是什么。黑色的鼻子意味着狗会产生黑色的真黑色素，因为褐黑素并不影响狗的鼻子和眼睛。因此可以以此类推出这只狗体内分泌的真黑素类型。
第二种色素是褐黑素。这是红色颜料。“红色”一词涵盖了从深红色(如爱尔兰赛特犬)到浅奶油(包括金色、黄色和橙色)的各种颜色。每当我们谈到红色时，除非我们特别谈论赛特犬，否则我们指的是所有棕褐色的颜色。
褐黑素只在皮毛中产生。它不会出现在眼睛或鼻子中，所以任何影响褐黑素颜色或强度的基因都不会影响眼睛或鼻子的颜色。因为只有真黑素出现在这些区域，所以只有影响真黑素的基因才能影响眼睛或鼻子的颜色。
褐黑素与真黑素不同，它不会像真黑素那样有黑色和肝脏色两种不同的颜色类型出现(稀释度不同出现的颜色只被算作这两种颜色类型中的深浅)，而褐黑素是只有一种颜色类型出现，只是稀释度不同。比如最浓郁的褐黑素颜色是爱尔兰赛特红。褐黑素默认的颜色是金色，不同的基因导致它或多或少的改变了色素颗粒的密度(即告诉细胞产生更高密度的色素颗粒，从而使颜色更浓郁，或者更低的密度，使颜色更弱，因此更浅)。
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