《高达SEED》今日宣布开始制作第三季动画片，主要情节是人工智能觉醒，制造出量产的终结者高达，想要毁灭全人类。面对强敌，地球军和扎夫特选择联手对抗终结者高达。基拉、阿斯兰、真飞鸟各自驾驶新型高达出战，屡战屡胜。
人工智能的主体地网见这三个人实力很强，便想把他们拉拢过来。为此，地网复制克隆出了芙蕾、米娅、史黛拉，让她们三个人分别去拉拢基拉、阿斯兰、真飞鸟，使其归顺过来。
面对米娅，阿斯兰完全没有动心，仍然爱着卡嘉莉，便一枪崩了米娅。真飞鸟则对史黛拉动了心，思想一度出现动摇。但露娜及时把史黛拉一枪崩了（听说真飞鸟的声优回家还跪了一晚上搓衣板）。基拉表示小孩子才做选择题，芙蕾和拉克丝两个我全都要。于是，基拉、芙蕾、拉克丝来了场三人行，芙蕾被征服了。最后，基拉、阿斯兰、真飞鸟驾驶高达摧毁了地网基地，消灭了地网，获得了最终的胜利。
大结局是地球军和扎夫特冰释前嫌，组成联合ZF。基拉和拉克丝加上芙蕾（由于男性在战争中伤亡惨重，导致女性人数远高于男性，所以允许一夫两妻）、阿斯兰和卡嘉莉、真飞鸟和已经怀孕的露娜举行了一场规模盛大的集体婚礼。尾声是露娜生下了一个女婴，取名未那。