stringtie和featureCounts的结果不同是什么原因【生物信息学吧】

生物信息学吧关注：7,314贴子：14,462

拟南芥的rnaseq，用的是hisat2跑出来的同样的bam文件；
但是分别用stringtie-prepDE.py和featureCounts得到的counts数完全不同，featureCounts均匀的低了三倍左右，
请问有人知道原因吗

跪谢

送TA礼物

IP属地:海南

1楼2021-03-29 19:21回复

很正常。两软件均值的倍数差异都接近，说明结果还是蛮相似的，算FC 的时候，这个倍数就消除了 fc = a/ b, fc = 3a/3b。

IP属地:广东

2楼2021-04-04 14:49

下载贴吧APP
看高清直播、视频！

贴吧热议榜

发表回复

内容:

使用签名档查看全部

发表

保存至快速回贴