《明史·方孝孺列传》写他被凌迟磔杀，并未记载被灭十族，株连坐死847人（一作873人）等字眼，但明崇祯《宁海县志·方孝孺传》、《明史纪事本末》、明末乡贤大家黄宗羲的《方正学孝孺》、《文正方正学先生孝孺》等大量文献都记载他被灭了十族。另外，崇祯年间编纂的《熹宗实录》也记载了方孝孺被夷十族的故事，而且还记载了当年方孝孺的幼子被人救出，逃出生天，假借余姓延续方姓一脉，至天启二年，方孝孺十世孙伏阙上书以闻，得以赠恤的故事。方孝孺被诛灭十族这个有待于考证，第十族为门生之门生。但诛十族的行为与十族是否被诛灭并不矛盾，正史中虽然没有对于方孝孺被诛灭十族之事并没有直接点出，但是前后呼应，在字里行间中间接说明。