一般洗涤微滴板的步骤依次为吸干反应液、将洗涤液注满微滴孔、浸泡一定时间、吸走孔内液，上述步骤重复几次。如果有未结合物和干扰物未被冲洗干净，或者冲洗不均匀，就会直接影响检测结果的准确性和重复性。
自动洗板机一般用双头真空／压力
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泵作真空压力源，在管路上还设置一电磁阀，以实现自动吸液、注液功能。微滴板驱动单三完成走板功能，以实现微滴板的逐排冲洗。
清洗头升降单元则在吸液过程中，将清洗头可靠地降入到微滴孔的适当位置，吸干液体，然后升高。大多数自动洗板机还具有定时摇匀功能，以增强清洗效果。
所有这些操作都通过微电脑控制，键盘和显示屏完成洗板参数的选择和输入。