首先，应当理性看待质疑。
笔者在实践中发现，由于处理质疑的经验较少，大部分采购人和代理机构对质疑存在两种极端认知，要么对供应商的诉求不理不睬，要么就是过于紧张，认为只要有质疑，就有可能是灰色地带的影子，则项目必然存在“问题”。但笔者以为，质疑的出现不一定是坏事。质疑的发生，既是供应商合法维护自身权益的一种手段，也是对采购项目的第三方监管的体现。采购人和代理机构不必讳疾忌医，有错纠错即可。如果采购人或代理机构通过质疑发现采购项目出现的问题及时发布更正公告，既不会影响到采购项目的正常开展，也不会造成不良影响，可及时有效的针对性修改也能够有利于改进工作。即使存在质疑事项不成立的情况，也能够尽量化解可能出现的矛盾，在处理质疑过程中要保持平常心，依法依规处理即可。

其次，较为广泛地接受质疑。
《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号，以下简称“94号令”）第十二条提出:“供应商提出质疑应当提交质疑函和必要的证明材料。质疑函应当包括下列内容：供应商的姓名或者名称、地址、邮编、联系人及联系电话；质疑项目的名称、编号；具体、明确的质疑事项和与质疑事项相关的请求；事实依据；必要的法律依据；提出质疑的日期。供应商为自然人的，应当由本人签字；供应商为法人或者其他组织的，应当由法定代表人、主要负责人，或者其授权代表签字或者盖章，并加盖公章。”但笔者以为，无论是采购人还是代理机构对于不符合94号令第十二条规定的质疑函也应接收。
这主要有两点原因：
第一， 采购人或代理机构会遇到故意刁难的质疑供应商，其质疑身份不符规定、超过法定质疑期限或未提供相关佐证材料等，如果采购人或代理机构直接在现场拒收此类质疑供应商的质疑函，没有留下任何书面证明，将来会存在更多的法律风险。
第二，部分质疑供应商提出质疑的原因是对其未中标存在不满情绪。采购人或代理机构尽管明确知悉其提供的质疑函明显不符合规定，当面拒收质疑函容易激化矛盾。某些情况下，部分质疑供应商甚至不再走质疑流程，而是直接向监管部门反映情况，写举报信，网上发帖制造舆论等，导致本来简单的事情复杂化，增加处理的成本影响工作效率，甚至造成严重的不良影响。
所以笔者在此建议，即使质疑函不符合相关规定，采购人或代理机构也应接收并做好相关登记，留存书面材料，方便万一事态升级后监管部门的调查取证。同时，也尽量就质疑事项进行调查处理，给质疑人进行解答，化解质疑人的矛盾。

最后，质疑处理须重点关注的内容。
采购人和代理机构在质疑事项的审查中，要注意几个关键点：
一是采购文件引起供应商无法正常参与项目的质疑。如，采购文件中所列的资格条件和实质性要求完全与供应商履行项目合同无必然联系。笔者在实践中曾遇到一案例：采购人采购一批医疗设备，但采购文件中的资格条件要求供应商必须具备市政施工工程资质。很明显上述资格条件不是实施采购项目的必要条件。采购人和代理机构在质疑事项的审查中要重点关注整个采购文件要求的采购需求和评审因素，是否具备最低限度的市场竞争，存在足够多的投标人、投标产品能够正常参与投标。
二是对评审现场存在违法违规行为引发的质疑。采购人和代理机构应当查阅评审资料和监控录像对此类质疑进行认定。
三是对中标人虚假应标的质疑。关于此类质疑，采购人和代理机构应当及时与中标人沟通，并通过双方列举的证明材料进行认定。在处理质疑过程中，由于采购人和代理机构并无行政调查权，导致对质疑事项的核实仅能够根据招标文件、投标文件、评审过程资料以及质疑人提供的材料进行查证。因此，在答复质疑人时一定要耐心细致，做好解释沟通工作，并尽量列举涉及的相关法规法规，让质疑供应商信服。