宣统元年（1909），方耀庭复肄业于山东优级师范学堂。方耀庭一直很崇拜孙中山先生，早就欲加入同盟会。至是年，他由同盟会山东主盟人丁惟汾先生介绍，正式加入同盟会。从此，方耀庭从事革命活动更加积极了。 宣统二年（1910），方耀庭受同盟会指命，负责对齐鲁一带革命活动的领导工作。其间，他曾率先剪发易服，积极倡导反清活动。 宣统三年（1911）春天，南方同盟会“黄花岗七十二烈士”为首的革命力量，首先在广州发难，举行反清武装起义。方耀庭为响应同盟会在南方的活动，遂“奔走南北”，积极联络革命志士、进步青年，谋图在山东发动反清起义。由于长期忙于革命工作，方耀庭不得不暂时停止了学业，成为职业革命活动者。武昌起义爆发后，方耀庭更是“奋勇呼号，舌敝唇焦”，公开从事反清活动，对推动山东辛亥革命的发展，起了极大的作用。 民国元年（1912），山东省临时省议会成立，方耀庭被推举为省议员。方耀庭被推举为议员后，不负众望，对于国家、地方举革诸端，无处不有重要提案，提出了许多有真知灼见的好建议。由于方耀庭敢说敢为，遂不能不触忌于当道。其中，尤以其提议联合各省议会弹劾黎元洪违法擅杀张振武、方维一案影响为最大，亦“最触当道之忌”。当时，周自齐（单县人）任山东都督，知方觉为一难得人才，遂以高官厚禄相利诱，企图使方觉为其所用，但方耀庭并不为之所动，继续从事革命活动。其“贞介自持”即如此类。 也是在这年，为扩大革命影响，方耀庭还与陈名豫、陈今增、曲希文等仁人志士共同发起并组织了新剧团，将许多热血青年团结到自己周围。他们积极编演各种新剧目，借此达到宣传革命的目的。在这些新剧目中，方觉等人揭露了清朝专制的淫威以及北洋军阀政府武夫们的专横霸道，观者无不为之“心折欢服”。

民国二年（1913），鉴于形势稍有好转，方耀庭一面继续从事革命活动，一面又以相当学历插入山东师范学校英语部，以便完自己尚未学完的学业。随着袁世凯之“谋逆昭著”，孙中山先生复创立中华革命党，继续组织力量，开展反袁斗争。在孙中山先生的授意下，吴大洲（诸城人）等山东籍革命党人在东北大连一带设立了革命机关。吴大洲为推动山东一带革命形势的发展，遂派胶州庄维道、菏泽孙屹两志士回山东内地活动，联络革命党人及进步势力发动反袁起义；同时又致书于方耀庭，请他在郯城一带发动革命力量，以“共举大事”。庄维道、孙屹两人本打算由大连乘轮船至青岛，然后分别奔赴沂州、曹州一带活动，不意所乘轮船行抵烟台时即不再前进，遂被袁世凯党徒、烟台地方官府恶探侦悉，致身份暴露，两人同时被捕。袁世凯的爪牙、山东都督邹县靳云鹏为表示自己的“忠心”，借机兴大狱，打击、迫害革命党人。方耀庭尚未毕业，亦被捕入狱，同时还被搜去国民党徽章符号及手枪等件。方耀庭被捕入狱后，被先后关押达数月之久。靳云鹏及其走狗对方耀庭大动刑罚，严讯逼供，企图让他招出“同伙”，“悔过自新”。但方耀庭虽“备受残毒”，英勇不屈，终不肯吐一言。民国三年（1914）2月25日，方耀庭与革命党人长清人赵金漳、诸城人王鸿策、临朐人王致盛三人共赴济南东关外山水沟刑场，英勇就义。