辞别了博士，可以离村了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少怪物，好好练一下级吧。很快便来到了永恒村（トキヮ），在Shop里，从店主手里得到ぉとどけもの。连忙赶回研究所将它交给博士，于是指令中多出一项ずかん（图鉴），这意味着可以开始着手收集ポケモン的工作了。顺便再去一趟邻居家，拿到タゥンマップ（镇子地图），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林（トキヮのもり）才能找到出路。在森林里会首次遇上怪物教练（ポケモントレ—ナ—）这种身份的人，而与之交战是监视大多数怪物的重要手段，所以千万不要错过。
我走出了森林，发现已来到了尼维村（ニビ）。村里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外我还发现有一间物资标有GYM的记号，推门而入才知道这个世界的八位首领（リ—ダ—）之一就住在这里。不过我才不理会那些，相信自己的实力，果然很轻松的就打败了他，还得到34号机器以示鼓励。
在雕像出发现了蛋蛋的签名，才知道他已先到一步，并且也打败了首领。此时村右的道路可以通行了，但一路上危机重重，好不容易才摆脱了怪物教练们的纠缠，来到欧基米山脚下（ォツキミゃま）。洞门口有一间POKE内会遇上一个卖ポケモン的，虽然以后可以通过其他方法得到，但早一点培养总不是坏事，虽说要多花500元，此ポケモン位列129号，就是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，但至20级后摇身一变，厉害异常。

我来至洞内，一面战斗，一面前进，虽然有点累，但收获不小。途中所得各宝物中有一名为月之石（つきのぃし），能使某些物种立即进化。在打败这里的首领后，他让我从他身后两块古代物种化石中选一块（以后有大用处，妥善保管哦）。出了山洞（注意：皮卡丘版的在出洞之前要和突然出现的火箭队火拼一场，赢了才能出去），便是宝蓝村（ハナダ）。不出所料，第二位首领在此，上门去好好请教一番吧。村子里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的（就算你有钱，他也不卖）。
正要过村北的桥时，遇到了久违的蛋蛋，不免又要“惺惺相惜”一番。幸好我未曾搁下武功，仍然取胜。过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成怪物模样的正木（マサキ）。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后，正木走进那台机器，而我去操纵桌上的主控电脑。一阵嘈音过后，正木成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给我一张船票（ふねのチケット），难道可凭此乘船游览一番么？带着疑问，我回到宝蓝村，发现右面屋门口的警卫让开了路，进去瞧瞧。哇噻，屋内一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而后又打破了墙逃走了。我立刻追上去，果然在屋后发现一个形迹可疑的人，未谈几句就露出真面目，我毫不客气地狠扁了他一顿，还从他身上搜出了28号机器。
一路往南看到了两间屋子，不过通往隶棠村（ャマブキ）的路已被封锁，先走地道吧。穿过隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村（クチバ）。村里某尖屋内可得到兑换卷（ひきかぇけん），若回到宝蓝村，向自行车店老板出示的话，会得到一部崭新的自行车，这样走路就快多了。而村里另一间屋内则会得到钓竿，作用不用多说了吧，使用的方法就是对着水域使用道具“钓竿”拉。

我发现村里有一个港口，这下子船票可以派上大用了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是怪物教练，小心应付。在船长室门前的通道内再次遇到蛋蛋，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，他很高兴的把他珍藏已久的０１号秘传机器（ひでんマシン）给我我。离开船上岸，船起航了。将此宝物装备上，便拥有了间切能力（ぃぁぃぎり，作用：毁树开路，使用方法：调出ポケモン指令，在所装备的怪物处便会出现此指令）。还记得村里有间Ｂｏｓｓ屋吗？现在可以进去了。
由于拥有间切能力，可以去的地方很多。但我还是决定先去村右的山洞（ディグダのあな）。穿过山洞发现有一小屋，若目前怪物拥有种类已达10种，便可以从屋内人处得到05号密传机器（能力：闪光，フラッシュ；作用：发出耀眼的光芒）。再次回到宝蓝村，往右出村，一路经过9号，10号地区来到岩间隧道（イワャマトンネル）。洞内一片漆黑，那就来点光吧。使用闪光，果然是一片光明，找出口吧。所幸洞内并无首领，略费周折就出来了。

到了美丽的锡安村。村民们为悼念亡灵建造了一座口袋妖怪塔（ポケモンタワ—）。我从一村民口中得知富士（フジ）失踪了，于是决定去找他。考虑一番之后，我认为那座塔有很大的嫌疑。在塔的2楼得知要使塔内的幽灵现出原形，只有依靠西尔夫之铲(シルフスコ—プ)的力量。但这个宝物在哪儿呢？看来不会在这个村里。我从西面出村，在8号地区发现了另一条地道（ちかつぅろ），并且通往玉虫村（タマムシ）。沿地道到达该村，在游戏中心的柜台旁找到一名怪物教练。打败他，他会逃往楼上。调查墙上的那幅画，发现是个隐藏的机关，开动后出现了一条通往2楼的阶梯。拾阶而上，在某层打败一位怪物教练后再仔细盘问，他会乖乖地交出一把电梯钥匙（ェレベ—タのカギ）。来到电梯内，选择目的地4楼，而后打败门卫，（注意：皮卡丘版的在这里会遇到火箭队，不过就他们的怪物对我来说只是小菜一碟）就见到了首领神（サカキ）。一番较量，勇夺西尔夫之铲，赶快回锡安村救富士吧。
再次进入口袋妖怪塔，这下幽灵都露出了原形。在五楼通往六楼的阶梯旁遇上一个30级的幽灵，不过也一样被我痛打，嘻嘻，给你个窍门，用超能系（ェスパ—）的招式打幽灵特别管用。在塔顶找到了失踪的富士，一起回到他家中，同样有贵重物品相赠。这次是口袋妖怪之笛（ポケモンのふぇ），有经验的朋友应该猜到了作何用处。还记得锡安村南的水上栈道吗？那儿有一只贪睡的懒猫躺在地上挡住去路，用笛子去吹醒它。这下它醒了，可也生气了，免不了乱斗一阵。之后在路上的一小屋内又得到一支神奇的钓竿（すごぃっりざゎ），比以前那把好用多了。

　　一路来到石竹村（セキチク），第5位首领在此“恭候”多时了。他的手下都是些好玩水晶球、故作神秘的变态。另外在BOSS屋内有一个看不见的结界，我只有沿紧靠右墙的路从他背后绕过去才能与之交战。如果你拥有的ポケモン数量已达50种，则可去村口外屋内二楼，会得到一宝物学习装置（がくしゅぅそぅち），作用则是多得一些经验值，具体情况玩家可自己研究。
　　下一个目的地是玉虫村，左上角屋内可得02号秘传机器，只有鸟类能装备（能力：そらをとぶ，作用：瞬间移动至曾去过得村庄）。要玩游戏中心的老虎机，就得先去一趟酒吧，从一酒鬼那儿拿一只用来盛硬币（）的口袋，再去游戏中心柜台处购入硬币就可以玩了。（先在游戏中心里仔细的搜索一下，和每个人说说话，可以省下你不少钱的哦）而中心隔壁屋内可凭所持硬币换取相应道具或ポケモン。去村里的SHOP中，一直上到顶楼，货架上共陈列三样道具（都是很好喝的汽水哦）可以分别与屋内的人换取三种不同的机器，但要记得多买一个第一种的汽水备用。
　　往右出村，将汽水交给警卫，这下他就放行了（贪污？），于是我来到隶棠村。村里有一座高11层的大厦，在3楼会得到钥匙卡（カ—ドキ—），可以打开那些门。再次与蛋蛋、神交手，之后与屋内人交谈，可得到强力球（マスタボ—ル，最强力的ボ—ル，只此一件）。出了大厦，BOSS屋门前已无人阻挡，这下又有仗打了。村里还有另一间BOSS屋，不过是假冒的，若有兴趣打败里面的首领，可从两个ポケモン种任选一个。

　　来到石竹村，去村上方狩猎区（サファリゾ—ソ），花500块钱买入30个狩猎球（サファリボ—ル）去狩猎吧。这里的怪物都不错，值得一提的是水池里的迷你龙（ミニリェウ），别看现在弱的象“面瓜”，待两次进化后包管你大吃一惊，绝对值得培养。还有不少其他怪物，是别处绝对没有的，用心捕捉。对了，捕捉时共4项指令其中ェサ是喂饵，いし是拿石头砸，对不同怪物必须采取不同手段才能顺利捕捉（我的方法是不管三七二十一，直接扔狩猎球）。在狩猎区内先找到一副金假牙（きんのぃれぱ），出来后把它交给POKE右侧屋内的人，他很感激地把04号秘传机器交给我（能力：蛮力，かぃりき；作用：力量爆发推动巨石；装备：兽类），并让我再去找狩猎区财宝屋（トレジマ—ハウス）里的人。只好再花500块，找到后会得到03号秘传机器（能力：乘浪，なみのり；作用：下水；装备：水生类），这下又有新地方可去了。
　　从村南下水，一直游到孪生岛（ふたごじま），穿过岛上山洞。洞内机关须用かぃりき能力推动岩石，使之落到最下层，等到2块都落下并阻住水流，就可以出洞了。另外洞内还有一头凤凰，动一番脑筋争取“录用”吧！再次下水，游至绿村，第七位BOSS就在此。村内的研究所，可将以前获得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）通过一系列高科技技术提取细胞培育出史前怪物，其中化石培育出的可进化。BOSS屋有锁把关，先去屋左的楼内找钥匙。那些雕像是用来控制门的开关的，反复摆弄，终于到手了秘密钥匙（ひみつのカキ），可以进BOSS屋了。打败BOSS卡拉（カッラ），沿上方水路回到了我的家。

　　现在该去哪儿了呢？对了，就是永恒村。还记得吗？早就发现了的BOSS屋，但始终就是不让进，现在总可以了吧。又是神！不过这次他及其属下的实力确有提高，不可掉以轻心。打败后别忘了再次交谈，而后他就……消失了？！
　　至此，我们已经打败了全部八位首领，但还不算完。向西北方的影子村走（セキェィ），路上会遇上蛋蛋。但他现在已不是我的对手了，轻松解决，嘻嘻。
　　到达宫殿后，向各卫兵依次亮出自己苦心战斗才获得的各枚勋章之后来到迷宫内。机关同样要推动岩石压住才行，而仔细寻找会发现一头火凤凰，登用吧！终于到达影子村，这儿可购物、休息、很照顾玩家吧！在补充道具后，上路拉。
　　进入屋后门内，这儿是第一道关卡。天啊，才第一个就这么厉害了。如果你没有50级以上的实力，就关机重来吧，好好练级，等到实力大增，再去挑战，经过连续四道关卡后，就要和蛋蛋进行最后一场冠军争夺战了。经过一阵天昏地暗的拼杀，终于打败了蛋蛋的65级恐怖妖怪（其实早在狩猎区那里的时候我的暴鲤龙就70几级了，打蛋蛋还不是VERY EASY）。这时博士赶来，宣布我成为了新的冠军，之后就是大结局。