瞬时固有免疫阶段:瞬时固有免疫应答发生于感染0～4时之内，皮肤黏膜及其分泌液中的抗菌物质和正常菌群作为物理，化学，和微生物屏障，可以阻挡外界病原体对机体的入侵，具有即刻免疫防卫作用。当少量病原体突破机体屏障结构，进入皮肤或黏膜下组织后可被局部存在的吞噬细胞迅速吞噬清除。
早期固有免疫应答阶段:发生在感染后4～96小时之内。巨噬细胞被募集到感染反应部位，并被活化。以增强局部抗感染免疫应答能力。B1细胞接受刺激后，可在48h之内产生相应以IgM为主的抗体，此种抗体在血清补体协同作用下，可对少数进入血流的病原菌产生杀伤溶解作用。NK细胞和NKT细胞则可对某些病毒感染的细胞产生杀伤破坏作用，在早期抗感染免疫过程中发挥作用。
适应性免疫应答阶段:在发生感染96h之后，此时巨噬细胞和树突状细胞作为专职抗原提呈细胞。对抗原进行提呈，然后经淋巴，血液循环进入外周免疫器官，通过与抗原特异性淋巴细胞之间的相互作用，诱导产生特异性免疫应答。
巨噬细胞作为重要的固有免疫细胞，在吞噬和杀伤清除病原微生物的同时，也启动了抗原加工和提呈的过程。