附睾炎和睾丸炎是两种不同的疾病，首先，二者发病部位不同，附睾炎发病部位在附睾，睾丸炎发病部位在睾丸。其次，感染的病原微生物及感染途径不同：附睾炎一般多由于感染细菌、支原体、衣原体等所致，感染的途径以生殖道逆行感染为主；睾丸炎多为病毒感染所致，最常见的是腮腺炎性睾丸炎，多为血行感染。另外，两者所导致的后果不同，附睾炎可能出现附睾肿大，治疗后可能会遗留附睾硬结，并可能导致附睾梗阻，睾丸炎常常会导致生精功能损害，影响睾丸的生精功能。