安徽省团校创办于1949年，前身是皖北团校和皖南团校，1952年3月皖北皖南两团校合并后成立安徽省团校，位于合肥市小东门，隶属于共青团安徽省委和省委党校双重领导。1956年迁至长江路西端，毗邻环城公园西山景区，成立之初主要承担全省团干部政治理论和业务能力培训职能。“文化大革命”前举办团干培训班23期，培训团干部7000余人。“文革”期间停办，1978年恢复，按照团校每期培训三百人的规模，以十比一定事业单位编制三十名，隶属于团省委领导，正处级建制，财政全额拨款。

1983年，根据团中央和国家教育部《关于团校教育正规化建设的意见》，省政府[1983]39号文件批复，省团校增设中专班，纳入普通国民教育系列，从高考中择优录取应历届高中毕业生，学制两年，规模三百人，毕业后充实团干队伍。

1997年12月，为适应职业教育发展，经省政府批准在安徽省团校中专班的基础上成立安徽省青年政治学校，面向全省招收初、高中毕业生。自此，安徽省团校又开启了团干培训和中职教育双管齐下、齐头并进的局面。

2015年，根据安徽省机构编制委员会办公室印发的《关于团省委所属事业单位类别划分的通知》（皖编办[2015]248号）文件精神，因团校具有中等职业教育的职能，“共青团安徽省委团校列为公益二类事业单位”。
伴随着全国共青团改革的不断深入，安徽省团校按照《共青团安徽省委改革方案》中：“剥离省团校的学历教育功能，强化其作为干部教育培训基地、青少年工作理论和问题研究智库的功能”的要求，经教育部门同意，自2017年元月起停止中职学校招生资质，聚焦团干部教育培训主责主业。