医疗垃圾处理采用当日处理，高温蒸汽灭菌消毒，破碎、无氧高温干馏工艺进行清洁处理。
医疗垃圾车进入卸料室，卸料室采用全封闭结构，配备通风装置，引风采用蒸汽锅炉送风机，保持微负压状态，抽取的空气进入蒸汽锅炉充当燃烧助燃空气，高温处理。由穿有防护服的操作人员，将医疗垃圾周转箱内医疗垃圾通过上料车装入灭菌反应车内，进入高温蒸汽灭菌舱。在温度大于134°c和压力大于210kpa状态下，灭菌时间大于45分钟完成灭菌消毒。灭菌后灭菌反应车通过上料车，倒入破碎机破碎成外形小于50mm，经带式输送机进入干燥机，破碎机底部设计液体接收箱，采用渣液泵输送到蒸汽锅炉膛内进行雾化燃烧处理。由全封闭带式输送机经进料螺旋进料机运到无氧干馏炉内。
原料装入干馏炉。通过燃烧器和燃气喷枪加热，在干馏炉里，有机物在高温状态下迅速炭化，并释放干馏气体。干馏气体进入分汽包，分离出杂质后，油气通过管道进入冷凝器，利用循环水冷却，使油气变成液态油，进入分离油罐，油和水定期排走。前期供热由燃烧器燃烧重油或天然气加热，正常运行由燃气喷枪燃烧不可冷凝气体燃烧加热。不可冷凝气体通过容积式鼓风机压送到水封罐，经油气阻断器进入燃气喷枪燃烧加热。燃烧用空气由设备除尘除味风网废风供给。烟气处理系统由高温引风机、湿式除尘器、离心水泵组成。引风机负责供料系统除尘、除味与干馏系统引风等。高温热空气从干馏系统经干燥系统和供料系统除尘过来的冷空气混合冷却后，由高温引风机送至湿式除尘器，采用双碱法脱硫喷雾洗涤、活性炭吸附、光氧化和沸石吸附干燥技术处理后的气体排空。水源由离心水泵、循环水池供给。循环水池分为清水蓄水池、多级沉淀池。离心水泵负责整套设备的供水。脱硫剂由搅拌装置混合均匀。废水经沉淀后循环使用，沉淀物硫酸钙或亚硫酸钙定期挖出送到水泥厂或其他单位使用。循环水经凉水塔冷却循环。