碳酸根是无色气体，相对密度0.597，能灼伤皮肤、眼睛和呼吸器官粘膜，吸入过多能引起肺肿胀导致死亡；具有强烈的刺激气味，使用过碳铵的人都知道这个气味，危害性远胜于它。

沼气成分的碳酸根（氨气）多了，会使用气设备打火困难、甚至打不着火、无法燃烧。克服这一困难，首先是解决沼气结壳层对氨气释放的影响，沼气池破壳解决了这一难题；再就是注意碳氮比的比例了，合适的碳氮比能促进沼气原料的发酵速度，提升沼气产量。