查理大学是中欧地区与维也纳大学和慕尼黑大学并列的顶尖研究型大学，是世界排名跻身前2%的大学。查理大学及其奥匈帝国时期作为分校设置的德语查理大学(Karls-Universität Prag)，在过去的研究工作中诞生了四位诺贝尔自然科学奖得主。据国际数据库Web of Science，查理大学是捷克共和国实力最强大的科研机构，其最近产生的科学成果占捷克共和国所有引文(反映科学成果的质量)三分之一以上。