张献忠被满清的英亲王阿济格追杀后重伤而死,满清官方称其为献匪,并且将流窜到湖广九宫山的李自成残部并称为闯献二寇,清军剿匪就是为的是剿灭李自成的闯军和张献忠的大西军,与此同时,李自成之妻高桂英高夫人却率领其健妇营转战到夔州地区,以李自成侄孙李来亨为首的夔东十三家决定联明抗清,夔东十三家和健妇营与当地的袁宗第、刘体纯等合作共同抵抗清军,并且将李顺余部的健妇营更名为忠贞营,南明弘光当局册封李来亨的叔祖母高桂英为护国忠贞夫人,清军南下如入无人之境,夔东地区危急,原李自成麾下部将郝摇旗被南明隆武帝更名为郝永忠,并且郝永忠拥立韩王后裔朱本铉为定武帝。前明的三降将孔有德、耿仲明、尚可喜毫无气节,相继投靠满清鞑虏的清廷,清廷则是册封孔有德、耿仲明、尚可喜为三顺王,即恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜,与此同时,南明当局决定联寇抗清,以南明大臣何腾蛟、瞿式耜、张同敞、史可法、谢枋得为首的主战派则是力主与“清国虏廷”抗争到底,南明所经历五帝一监国(弘光帝朱由崧、隆武帝朱聿键、绍武帝朱聿鐭、永历帝朱由榔、定武帝朱本铉和鲁监国朱以海)而南明政权历时18年。孔有德死后王位无绪,其王府被南明的将领”两蹶名王“李定国焚毁,其女孔四贞扶着孔有德旅榇回京,后孔四贞被清廷封为和硕公主;耿仲明之子耿继茂继承王位,耿继茂被改封为靖南王,耿继茂之子耿精忠因为发动三藩之乱而被清廷凌迟处死;尚可喜死后灵柩送往辽东,其子尚之信继承王位后因发动三藩之乱而被清廷赐死。南明覆灭后,南明的末代皇帝永历帝朱由榔被降将吴三桂绞杀于云南昆明篦子坡,永历帝曾经一度率领文武臣僚避祸逃往缅甸境内,后被缅王莽达收留,后来莽达的弟弟莽白发动政变而弑兄篡位,作为新任缅王的莽白不愿与清廷为敌,就将在缅甸避难的朱由榔君臣全部生擒后发动”咒水之难“,结果朱由榔的大臣黔国公沐天波被杀,朱由榔则是被缅方移交给坐镇云南的吴三桂,吴三桂决定将朱由榔在昆明篦子坡杀掉,至此南明彻底覆灭。