自《塞尔达传说：灵魂轨迹》公布以来，部分玩家就对《灵魂轨迹》中的主要移动工具火车在地图中的探索自由度表示怀疑。因为前作《塞尔达传说：幻影沙漏》中玩家使用的是海上移动工具轮船，主要的探险地也是海洋岛屿，船可以在汪洋上自由移动。而玩家所担心的正是火车如何在大陆上自由移动。