原绕组匝数根据外加激磁电压或者原绕组激磁电感(储存能量)来决定，匝数不能过多也不能过少。如果匝数过多，会增加漏感和绕线工时;如果匝数过少，在外加激磁电压比较高时，有可能使匝间电压降和层间电压降增大，而必须加强绝缘[5]。副绕组匝数由输出电压决定。导线截面(直径)决定于绕组的电流密度。还要注意的是导线截面(直径)的大小还与漏感有关。
高频变压器的绕组排列形式有：
①如果原绕组电压高，副绕组电压低，可以采用副绕组靠近磁芯，接着绕反馈绕组，原绕组在最外层的绕组排列形式，这样有利于原绕组对磁芯的绝缘安排
②如果要增加原和副绕组之间耦合，可以采用一半原绕组靠近磁芯，接着绕反馈绕组和副绕组，最外层再绕一半原绕组的绕组排列形式，这样有利于减少漏感。
另外，当原绕组为高压绕组时，匝数不能太少，否则，匝间或者层间电压相差大，会引起局部短路。
对于绝缘安排，首先要注意使用的电磁线和绝缘件的绝缘材料等级要与磁芯和绕组允许的工作温度相匹配。等级低，满足不了耐热要求，等级过高，会增加不必要的材料成本。其次，对在圆柱形磁路上绕线的线圈，最好采用线圈骨架，既可以保证绝缘，又可以简化绕线工艺。另外，线圈最外层和最里层，高压和低压绕组之间都要加强绝缘。如果一般绝缘只垫一层绝缘薄膜，加强绝缘应垫2～3层绝缘薄膜。
高频变压器磁芯材料的选择
高频变压器磁芯一般使用软磁材料。软磁材料有较高磁导率，低的矫顽力， 高的电阻率。磁导率高，在一定线圈匝数时，通过不大的激磁电流就能有较高的磁感应强度，线圈就能承受较高的外加电压，因此在输出功率一定的情况下，可减轻磁芯体积。磁芯矫顽力低，磁滞回环面积小，则铁耗也少。电阻率高则涡流小，铁耗也小。
铁氧体材料是复合氧化物烧结体，和其它软磁磁芯材料一样，软磁铁氧体的优点是电阻率高、交流涡流损耗小，价格便宜，易加工成各种形状的磁芯，缺点是工作磁通密度低、磁导率不高、磁致伸缩大、对温度变化比较敏感。它适合高频下使用，因此高频变压器一般采用铁氧体材料作为磁芯。
高频变压器磁芯结构的选择
磁芯基本结构有：
①叠片，通常由硅钢或镍钢薄片冲剪成E、I、F、O等形状，叠成一个铁芯。
②环形铁芯，由O型薄片叠成，也可由窄长的硅钢、合金钢带卷绕而成。
③C形铁芯，此种铁芯可免去环形铁芯绕线困难的缺点，由二个C型铁芯对接而成。
④罐形铁芯，它是磁芯在外，铜线圈在里，免去环形线圈不便的一种结构形式，可以减少 EMI。缺点是内部线圈散热不良，温升较高。
高频变压器设计时选择磁芯结构应考虑的因素：降低漏磁和漏感，增加线圈散热面积，有利于屏蔽，线圈绕线容易， 装配接线方便等。
在高频变压器磁芯结构设计中，对窗口面积的大小，要综合考虑各种因素后来决定。为了防止高频电源变压器从里向外和从外向里的电磁干扰，有些磁芯结构在窗口外面有封闭和半封闭外壳。封闭外壳屏蔽电磁干扰作用好，但散热和接线不方便，必须留有接线孔和出气孔。半封闭外壳，封闭的地方起屏蔽电磁干扰作用，不封闭的地方用于接线和散热。如果窗口完全开放，接线和散热方便，屏蔽电磁干扰作用差。
高频变压器磁芯参数ΔB的选择
高频变压器磁芯参数选择时，必须注意工作磁通密度不只是受磁化曲线限制，还要受损耗的限制，同时还与功率传送的工作方式有关。
对于磁通单方向变化的工作模式： ，ΔB既受饱和磁通密度限制，又受损耗限制。
对于磁通双方向变化的工作模式： ，工作磁滞回线包围的面积比局部回线大得多，损耗也大得多，ΔB主要受损耗限制，而且还要注意出现的直流偏磁问题。
对电感器功率传送方式，磁导率是有气隙后的等值磁导率，一般都比磁化曲线测出的磁导率小。
高频变压器组装结构的选择
高频变压器组装结构分为卧式和立式两种。如果选用平面磁芯、片式磁芯和薄膜磁芯，都采用卧式组装结构，上下表面比较大，有利于散热;其它的都采用立式结构。另外，组装结构中采用的夹件和接线端子等尽量采用标准件，以便于外协加工，降低成本。
高频变压器工作点的确定
对于新买来的磁芯，由于厂家提供的磁感应强度值并不准确，一般先要粗略测试它，具体方法：将调压器接至原线圈，用示波器观察副线圈输出电压波形，将原线圈的输入电压由小到大慢慢升高，直到示波器显示的波形发生奇变，此时磁芯已饱和，根据公式：U=4.44fN1Φm可推知在Φm值。