请教WIN2000黑屏

请教吧主：　偶用的WIN2000运行一套瓦斯监控系统软件，所以可能会连续多日不关机。如果关机或重启，会在启动界面一闪而过之后黑屏并提示SYSTEM32下有文件丢失，但不知道是什么文件。每次都需要运行修复但是无效。PRO版与SEVER版都是这种故障。目前只有两种解决办法，一是换用其它系统，98、XP、2003都不影响，二是天天重启一次，也不会出现上述故障。用各种杀毒软件杀毒和打各种补丁均无效，不知如何解决。请吧主提示。