西伯利亚共和国执政府隶属于亚澳联邦最高执政府。执政府架构如下:
执政官:为亚澳联邦最高执政官派驻西伯利亚共和国的代表,由亚澳联邦最高执政府任命,掌管西伯利亚共和国大权,对亚澳联邦最高执政府负责,有权解散议会、任命总理。
总理:由西伯利亚共和国最高苏维埃选举并由执政官任命产生,同时对西伯利亚共和国最高苏维埃及西伯利亚共和国执政官负责,领导西伯利亚共和国执政府,掌握行政区。
最高苏维埃:掌握西伯利亚共和国立法权,对西伯利亚共和国执政官负责。
最高法院:掌握司法权,院长由执政官任命,对执政官负责。
执政官:为亚澳联邦最高执政官派驻西伯利亚共和国的代表,由亚澳联邦最高执政府任命,掌管西伯利亚共和国大权,对亚澳联邦最高执政府负责,有权解散议会、任命总理。
总理:由西伯利亚共和国最高苏维埃选举并由执政官任命产生,同时对西伯利亚共和国最高苏维埃及西伯利亚共和国执政官负责,领导西伯利亚共和国执政府,掌握行政区。
最高苏维埃:掌握西伯利亚共和国立法权,对西伯利亚共和国执政官负责。
最高法院:掌握司法权,院长由执政官任命,对执政官负责。