第一部分,千年之前:曾经在星系中存在名为先驱者的高度文明,他们在约1500年前与星系中的卡拉异虫大规模作战,历经惨重代价击退了所有卡拉异虫,但是异虫身上携带有一种致命病毒,先驱者称之为卡拉病毒。几年之间,病毒在整个先驱者种族之内扩散,数以亿计的先驱者被其杀死。(以上为深海迷航共同世界观游戏“物竞天择”游戏部分剧情)之后,先驱者们开始在各个星系中寻求解决卡拉病毒的方法。其中就包含深海迷航所在星球,代号4546B。先驱者们到达这里之后,在星球内抓取了无数生物,将它们接种卡拉病毒,但实验品几乎全都立即死亡了。让研究员们欣喜的是,一种大型生物不但没有死亡,甚至在感染后快速自愈。研究员们将其称为“海皇利维坦”,并将此实验品关押于1700m深度的海皇监狱内,准备进行下一步研究。然而正在此时,研究员们因盗走了一颗海龙利维坦的蛋,导致远在熔岩区内的海皇母亲逆流而上来到研究所所在的失落之河,拼死撞击病毒研究中心,导致建筑物损毁,卡拉病毒泄露。而海龙母亲也在拼死的撞击中头部重创,不久就死在了疾病研究中心旁边。此时,全体先驱者收到了病毒泄露的消息,产生极大恐慌,海皇计划宣告失败。同时,卡拉病毒泄露后立即大量繁殖,顷刻间造成大量生物死亡,包括病毒研究中心内的先驱者。仅剩的先驱者们以最快的速度研发了一种人工生物“裂空者”用于击杀感染病毒的生物,控制病毒。之后,身负感染的他们绝望地在地表修建了无数座免疫执法平台(即游戏地区在五指山上的炮台),会无情攻击任何企图穿越4546b大气层的物体,将整颗星球完全与外界隔离,以此来防止卡拉病毒进一步扩散到宇宙,造成更大级别的危害。此后,仅剩的先驱者们等待着死亡,最终全部阵亡。