自新冠肺炎疫情发生起来，病毒溯源工作基本围绕武汉华南海鲜市场，疫情初期的大多病例和该市场有关联。不过，新冠病毒起源地目前仍充满争议。之前，《柳叶刀》刊发的最早一批41例患者中的部分患者，以及2019年12月1日发现的第一例患者，并没有证明和该市场有关。
值得注意的是，根据中国学者最新的基因组变异研究，关于新冠病毒是如何进入人类社会的，有了新的见解。其结论包括：一、华南海鲜市场的新型冠状病毒可能是从其他地方传入的，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外；二、新型冠状病毒在2月12日（论文数据截止时间之前）之前发生过2次明显的种群扩张 ；三、现扩散的病例至少来自于3个途径 ；四、新冠病毒基因组尚未发生明显重组事件 。
这些结论来自中国科学院西双版纳热带植物园、中国科学院核心植物园、韶关大学英东生物与农业学院、华南农业大学、北京脑科学与类脑研究中心（CIBR）团队。他们另辟蹊径，从病毒基因演化角度试图描绘出病毒传播路径，并找出谁有可能是“零号病人”。
该项研究通讯作者为中国科学院西双版纳热带植物园副研究员郁文斌，论文标题为“使用整个基因组数据解码新冠病毒的进化和传播”。研究最早于2月19日发表在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv上，2月21日更新发布第二版。
武汉样本中没有祖先单倍型，或从其他地方传入
在这项研究中，研究团队使用了来自GISAID EpiFluTM数据库的93个完整的新冠病毒基因组，其中中国患者样本有54个，包括重庆3个样本、广东18个样本、湖北22个样本、中国台湾2个样本、浙江4个样本，另外其他5个省份有1个样本。中国境外包括亚洲其他国家、欧洲、大洋洲、北美洲的39个样本。样本采集时间为2019年12月24日至2020年1月5日。
通过对93个样本的全基因组数据解析，新冠病毒的基因组大小在29782bp-29903bp 之间，来自GISAID的EPI_ISL_402131基因组(即bat-RaTG13-CoV)也被列入，目前它的序列被认为最接近新冠病毒。研究团队基于8个编码区120个变异位点（包括79个非同义替换和40个同义替换，42个非同义替换改变了氨基酸的生化性质），得到58种单倍型（基因类型）。未检测到明显的重组事件。