木牛和流马不是诸葛亮发明的，最多算是他改进的
《三国志·诸葛亮传》记载:"亮性长于巧思，损益连弩，木牛流马，皆出其意。”
上述记载指出”木牛流马，皆出其（诸葛亮）意”--字面上可以理解为是诸葛亮设计发明的，也可以理解为是按诸葛亮的意思（要求）制造出来的。宋代高承撰《事物纪原》也将造独轮车之功归于诸葛亮。然而，在诸葛亮之前，早有一些能工巧匠，已可造成包括独轮、两轮、四轮等能适应不同需求的各式民用车辆和工程车辆。
在四川成都一个年代为118年的墓中壁画，发现绘有推著独轮车的人。在四川沈府君阙发现年代约为150年的石浮雕，亦刻有推著独轮车的人。
　　二十四孝中便有孝子董永利用名为"鹿车"的独轮车载着父亲到处移动的故事，并描述在山东武梁祠年代为147年的壁画上。但有比以上更早期的证据可以追溯至公元前1世纪及1世纪。
另据▪赵无声《快史拾遗》 「蒲元造木牛流马，今人皆谓武侯所创。」 ▪杜佑《通典》 「亮集督军廖立、杜睿、胡忠等，推意作木牛流马。据此，则蒲元诸人实创之，非亮自创也」。 ▪清 张澍编《诸葛武侯文集故事制作篇》 「孔明欲北伐，患粮运难致。元牒与孔明曰：『元等推意作一木牛，兼摄双环。入行六尺，马行四步。人载一岁之粮也。』」
这些均可证明：木牛流马不是诸葛亮发明的，最多是提出一些具体要求或设想，授意具体人员在前人车辆基础上改进出来的，这样才会更加切实高效。进而创造出了能够适应当时战争需要和路况的新型车辆。
作为蜀国宰相，面对北伐的巨大宏图与战争压力，他不会有那个时间和精力去一门子心思搞发明。

木牛和流马是两种完全不同的运输工具
《三国志·后主传》记载:"建兴九年，亮复出祁山，以木牛运，粮尽退军;十二年春，亮悉大众由斜谷出，以流马运，据武功五丈原，与司马宣王对于渭南。"
从木牛流马使用的时间顺序来看，先使用了木牛（建兴九年），后使用了流马（建兴十二年），而且木牛和流马分别是两种不同的运输工具。据此可以推断：要么流马是木牛的改进版，要么木牛和流马是为了适应不同的需要而制造出的两种各具特点的运输工具。另据木牛和流马的制造方法完全不同，综合起来可以做出如下推断：木牛和流马是为了适应不同的需要而制造出的两种各具特点的运输工具。既然如此，那就是各自独立的设计体系与设计理念，不可简单将其归为同类车辆！而命名原则或是根据其外形或原车辆为蓝本，分别命名为“木牛“和”流马”。

木牛流马设计原则应是简单实用，不会过于复杂
除了需要满足战争中的特定运输功能外，制作大批量的木牛流马也是一项浩大工程，唐人杜佑在《通典》中记载，诸葛亮“集督运廖立、杜睿、胡忠等景谷县西南二十五里白马山，推已意作森牛流马”。所以其设计制作的原则一定是简单实用便于操作，绝对不会太过复杂，更不会为彰显设计者的奇思妙想或制作者的高超技术而华而不实。如果我身处诸葛亮的位置，妄加臆测：设计和制造原则应总结为“简单、高效、经济、耐用”8字原则。

木牛是改进型独轮车，原型为汉代鹿车，具体改进如下：轮子后移，省力，增加挂柱（牛角）方便挂物，增加制动装置（牛舌+牛齿）；加大加宽（牛肋）；增加“细”，便于维持左右平衡以节省体力。
历史记载建兴九年诸葛亮出祁山时用木牛运送粮草；而建兴十二年出斜谷时就用了流马。既然这两种运输工具是用以适应不同需要的。那么我们先来看看这两条道路有什么不同：
祁山道： 祁山道从陕西汉中略阳县起，溯西汉水而上，过甘肃礼县(祁山就在礼县东)、天水、秦安县，张家川县。。。。，从马鹿镇翻越陇山，到陕西陇县的固关镇，与关陇古道联通，一路向东，就到长安了。从汉中西行至略阳，需翻越青泥岭与祁山。
进而得出结论：祁山道全程为普通道路+翻山，路况复杂，适合使用适应性强而灵活的独轮车或两轮车。

也许有人会问，如果木牛流马是独轮车的话，记载中，木牛是一脚四足，这个四足在独轮车里面怎么体现呢?还有就是一些部件的名称包括暗藏的机关如何解释呢?
原因如下：
第一种可能：诸葛亮木牛流马的制法记于竹简并有附图。其法载于史书《诸葛亮集》。若干年后，原始竹简老化，附图丧失、字迹模糊、一些竹简错位脱漏;又几经传抄，原文更是残缺多误，加之文中杂有方言，更让后人难以理解。特别是小说《三国演义》对木牛流马加以文学渲染、使其神秘化，进一步使制作方法扑朔迷离，让人眼花缭乱、无所适从，成为复原操作的严重障碍。
第二种可能：此独轮车的车轮是由4个支柱共同支撑的（因重心高，难以维持平衡，对使用者体力消耗会更高，故笔者不倾向此观点）

新的研究首先提出质疑:木牛流马如此好用，它们就应该被大力推广并流传。但木牛流马并没有被大众普及。这说明木牛流马的使用具有相当的局限性。分析诸葛亮使用木牛流马的情况，可以初步断定这种局限性主要表现在地域环境和军事用途上。
对此其实:《三国志·蜀书·本传》裴注引《诸葛亮集》。作木牛流马法中说的挺明白了:"木牛者，......载多而行少，宜可大用，不可小使......"
对，你没看错，宜可大用，不可小使，人家是打仗走山路运送粮草的。你不走山路也不是大用，你还想大力推广流传？大众普及？省省吧，大众普及的是可以小用的原始版本啊--鹿车、二把手、鸡公车、普通马车、牛车啊。

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复原诸葛亮木牛流马的关键是复原作法竹简:三国时期，蜀丞相诸葛亮出师北伐，为了克服运输军粮的困难创制了木牛流马，制法记于竹简并有附图。其法载于史书《诸葛亮集》。若干年后，原始竹简老化，附图丧失、字迹模糊、一些竹简错位脱漏;又几经传抄，原文更是残缺多误，加之文中杂有方言，更让后人难以理解。
附图、3号简、31号简丢失;二、 5号简错位到3号三、 4号简错位到14、15号简之间四、 18号简错位至28、29号简之间五、 30号简错位至25、26号简之间六、 32号简错位至26号简之前
《诸葛亮集》又称《诸葛氏集》，为陈寿整理编辑，内容包括诸葛亮的文章、兵书、奏折。 在《三国志》本传中载有《诸葛氏集目录》，共二十四篇，十万四千一百一十二字。
裴松之注三国志时多次引用《诸葛亮集》。中华书局出版的《诸葛亮集》，书名为《中华国学文库:诸葛亮集》是根据清张澍编的诸葛忠武侯文集整理校点的。
对，你又没看错，我们手里能找到的这395字，是清朝时张澍整理校点的。也过了1000多年后的事了，谁敢说这395字一字不错？

流马是改进型四轮小拖车，原型为汉代单辕马车
具体改进如下：窄车体小载重量；由中间两轮改为前后各两轮；重新设计车体；每车增加板方囊2枚-方便分散使用、坚固耐用、防利器劈砍、耐火；可多辆组合成一列，也可以单独使用。
推理过程：
从流马制造法上来看，有前轴孔有后轴孔，所以至少是前后排列的双轮车，也可能是四轮车和三轮车。有“后载尅”说明有可以与后面车辆连接起来的缺口。
汉语字典
尅 繁体字:克 汉字结构:右上开口 造字法:
克的部首笔画:3 总笔画:10
[①][kè]
[《广韵》苦得切，入德，溪。]
亦作"克1"。
(1)战胜;制服。
(2)约束;克制。
(3)严格限定。多用于时日。
(4)能。
(5)成。
(6)克扣;暗中削减。
(7)砍削，截断。
(8)通"刻"。刻镂。
(9)通"刻"。刻薄。
[②][kēi]
(1)训斥;狠狠批评。
(2)方言。抠取。
文中“尅”字含义取词条2，词条8都说得通，“后载尅”即约束后载（后面的流马）或为为约束后载而刻一个缺口之意。

楼主的研究很系统。
赞！
看楼主已发表的，俺基本认同，除“某个数据错误”一说。
楼主是大学生？写论文？

从车辆发展史上来看，排除三轮车，因到晋朝时期才出现三轮车（2005年曾有东汉三轮陶马车出土的报道，后经专家鉴定，应为碎陶片复原过程中的误拼），而三国时期未见有相关记载。反观汉朝时期已有四轮车记载。

汉画像石《甘雨随车》原石长3300px，宽1000px。
此车马出行图，为迄今面世的南阳汉画像石中唯一的四轮马车画像，弥足珍贵。前为两武士骑马扛戟;中为两马拉四轮车，车上 一人前坐驾车，一官员后坐;车后两骑随从。
从路况上看：褒斜道全程为依山而建的栈道，南起褒谷口（今汉中市褒城附近），北至斜谷口（今眉县斜峪关口），沿褒斜二水行，贯穿褒斜二谷，故而得名。褒斜道为古代关中通往巴蜀的主干道路，全长249公里，褒斜道是秦蜀古道中最著名的道路，也是北栈中较为平坦的一条。据同济大学陆敬严教授考证该古栈道路宽为5尺（约和现在1.2米），承载力约为200公斤。
从外形上看：“形制如象”说明是以尽端有弯曲的单辕（象鼻）车为原型。

从命名上看：“首先看“流”字的含义
1. 液体移动 ：～水。～汗。～血。～泪。～程。～泻。～质。～水不腐。汗～浃背。随波逐～（随着波浪起伏，跟着流水漂荡，喻没有主见，随着潮流走）。
2. 像水那样流动不定 ：～转（zhuǎn）。～通。～寇。～浪。～离。～散。～失。～沙。～露。～萤。
3. 传播 ：～言。～传。～芳。～弊。～毒。～行（xíng）。
4. 指江河的流水 ：河～。江～。溪～。激～。奔～。
5. 像水流的东西 ：气～。暖～。电～。
6. 向坏的方面转变 ：～于形式。
7. 旧时的刑罚，把犯人送到荒远的地方去 ：～放。～配。
8. 品类，等级 ：～辈。～派。
9. 指不正派 ：二～子。
此“流马”中的“流”，应取词条5之意，指像水流一样的东西，和人流车流中的流同义。也就是说明流马是一辆连着一辆使用的（中间不应有人，不然“木牛”也可以称为“流牛”了）。而首尾相连的多辆小车，只能是拖行，是无法推行的。
为何称为“马”不做过多论述，不甚重要。可能仅仅是为了和先前命名的“牛”相呼应而已，也可能是说它比先前造的“牛”跑的快，也可能说它多辆连着使用很像马队，至少不是因为它外形像马......
所以最后得出结论：“流马”是一种可组合成队行进，也单体行进的轻载四轮小拖车。

大方向定了，其他就简单了。复原图绘制中，节后视时间精力陆续补充内容。
虽然破解过程极具挑战性也颇为有趣，可惜结果却让自己都有些失望。快2000年的未解之谜，可能真的没那么复杂。
亦或者早就有人破解了，可惜没人去相信，也不愿意去相信而已。就好比尼斯湖怪兽之谜，都辟谣不知多少年了，可还是会有太多的人相信湖中是有怪兽的。也时不时的会有人在湖中真的又发现怪兽。