在我国，通过国家批准应用于人体的益生菌，也就是比较优质的益生菌主要有以下种类：乳杆菌属，德氏乳杆菌、短乳杆菌、纤维素乳杆菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌、植物乳杆菌、 罗特乳杆菌、约氏乳杆菌、格式乳杆菌、类干酪乳杆 菌、鼠李糖乳杆菌等；双歧杆菌属，青春型双歧杆菌、两歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、动物双歧杆菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌、嗜热双歧杆菌、乳双歧杆菌等；肠球菌属，粪肠球菌和屎肠球菌；链球菌属，嗜热链球菌、乳酸链球菌等；芽孢杆菌属，枯草芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌属、地衣芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等；梭菌属，主要为丁酸梭菌，此菌也称酪酸梭菌；酵母菌属，主要是布拉酵母菌。
益生菌指含活菌和/或含菌体组分及代谢产物的死菌的生物制品，其通过改善黏膜表面的微生物群或酶的平衡，或刺激机体特异或非特异性免疫反应，从而提高机体定植力或免疫力。最常用的益生菌是乳酸菌，包括乳酸杆菌、肠球菌和双歧杆菌，其中乳酸杆菌是研究最为广泛的成人和儿童益生菌微生物。
适当补充益生菌，肠道有益菌的多寡是健康的“晴雨表”。肠道内有一个复杂且动态的微生物生态系统，对新陈代谢、营养吸收、免疫系统有着重要影响。通过检测人体肠道有益菌群的数量变化，可以判断人体健康状况。例如人体在衰老的过程中，或处于生病状态时，肠道中的有益菌会大大减少而有害菌变多，而健康的人体，肠道中的有益菌多而有害菌少。
益生菌能够促进肠内菌群生态平衡，对宿主起有益作用的活性微生物，能够促进肠内微生物菌群的生态平衡，具有改善肠道菌群结构，促进肠道中有益菌的增殖，抑制有害菌的生长，消除致癌因子，提高机体免疫力，降低胆固醇等重要生理功效，对于高血压、高血脂、心脏病、糖尿病和癌症的防治有着重要意义。