1926年冬回国，翌年春出任中山大学教授兼文学院院长和历史系、中文系主任。1927年4月12日，以 蒋介石为首的国民党新右派在上海发动反对国民党左派和共产党的武装政变，大肆屠杀共产党员、 国民党左派及革命群众。这就是历史上著名的“四一二”反革命政变。傅斯年写信给李石曾，表示赞同清党。1929年春，历史语言研究所从广州迁往北平。1932年，傅斯年在《独立评论》周刊上发表的政论文章，拥蒋反共，对南京国民政府的外交路线有所批评。抗日战争爆发后，任国民参政会参政员，兼任西南联大教授。1949年，兼台湾大学校长。
1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。时台大中文系教授黄得时请其题字。傅斯年挥毫写下了“归骨于田横之岛”的短幅相赠。众人顿生凄怆之感。在1949年，必须作出政治抉择的时刻，他选择了跟随蒋介石去台湾，担任台湾大学的校长。
在台大，傅斯年坚持自由主义的立场，拒绝三民主义进入台湾大学。他每天都在校园里转悠，随时进入课堂听课，他的听课并不是走过场，如果发现教师不符合他的政治立场就会予以辞退。难怪台湾三民主义后继乏人。

【胡适与傅斯年】傅斯年是胡适的学生，但是在胡适的前面，胡适说他是“人间一个最稀有的天才。他的记忆力最强，理解力也最强。他能做最细密的绣花针工夫，他又有最大胆的大刀阔斧本领。他是最能做学问的学人，同时他又是最能办事、最有组织才干的天生领袖人物。他的情感是最有热力，往往带有爆炸性的；同时，他又是最温柔、最富于理智、最有条理的一个可爱可亲的人。这都是人世最难得合并在一个人身上的才性，而我们的孟真确能一身兼有这些最难兼有的品性与才能。”胡适当年刚进北大做教授，就发现有些学生比他的学问好，而他在北大讲中国哲学史之所以没有被学生赶下台，就是由傅斯年等人在私底下做了他的“保护人”。
1917年9月，胡适被北大蔡元培校长聘为文科教授，讲授中国哲学史。他与以往的老先生不同，没有从三皇五帝讲起，径直讲西周晚年的老子和孔子的思想，这不仅让原来的老先生连呼“胡闹，胡闹”，而且也让听惯了老讲法的学生们大为惊异，认为胡适不讲三皇五帝，就是“思想造反”，不配做大学教授，有人甚至酝酿要将他赶出北大。
顾颉刚是哲学系的学生，他听了胡适讲课，却从中听出了门道。他认为胡适读的书固然不如原来的老先生多，但他“有眼光，有胆量，有断制，确是一个有能力的史学家”（？）。他听说有人想要赶走胡适的事，就请好友傅斯年听听胡适的课。傅斯年听后也感到确有新意，很佩服他对内容的把握和他讲课的风格。于是就给哲学系的学生说：“这个人书虽然读得不多，但他走的这条路是不错的，你们不能闹。”傅斯年平时在学生中很有威信，他的一席话，就将这场酝酿的风波平息下去了。
蒋梦麟回忆说：“当我在民国十九年（1930年）回北京大学时，孟真因为历史语言研究所搬到北京，也在北京办公了。‘九·一八’事变后，北平正在多事之秋，我的参谋就是适之、孟真两位，事无大小，都就商于两位。他们两位代北大请到了好多位国内著名的教授，北大在北伐成功以后之复兴，他们两位的功劳实在太大了。”
在抗日战争胜利之后，国民政府任命胡适为北大校长。时胡在美国，回国之前，北大校长由傅斯年代理。从敌伪手里接办北京大学，有很多棘手问题，如对日本统治下的北京大学的教职员如何处理便是一个问题。傅斯年决定一个不用。他给夫人俞大彩写信说：“大批伪教职员进来，这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣根。”把困难解除，把“天下”扫平，为胡适回校铺好道路，这是傅斯年做代理校长以报胡适的决心。他给夫人的信又说：“实在说在这样局面下，胡先生办远不如我，我在这几个月给他打平天下，他好办下去。”

【胡适的劝告】青年的热血一旦被点燃，短时间内是很难冷却的。学生们不断地抗议示威，傅斯年作为学生的领导者，扛着大旗冲在队伍的前列。在1919年5月4日这一天，学生们火烧了赵家楼，痛殴了曹汝霖，运动达到了高峰。 学生们热情高涨，恨不得一拳砸出一个新世界。 作为这场运动总指挥的傅斯年，却在这个时候，选择了静悄悄地退出。他并不是惧怕政府的镇压，纵观傅斯年的一生，哪怕是在蒋介石这样的独裁者面前，也是敢于翘着二郎腿的。
傅斯年之所以选择从学生运动中抽身而去，最重要的原因是他听从了老师胡适的劝告。
胡适是一个坚定的自由主义者，一直信奉用温和改良而不是暴力革命的方式去改造国家。更重要的是，当时的中国所面临的问题，根本就不是几场学生运动就能够解决的，他不希望自己的学生卷入这样的政治浪潮之中。
胡适的思想对傅斯年的影响是巨大的。他退出了学生运动，前往欧洲留学。 七年之后归来，傅斯年受聘为中山大学的教授，继承了恩师胡适先生的衣钵，成为桃李满天下的历史学家。他不愿意进入政府当官，但是并不推辞监督政府的国民参政员职务。 1938年，他出任国民参政员，首先对准了孔祥熙，毫不留情地揭露行政院长孔祥熙的贪污劣行。
1949年元旦之夜，胡适与傅斯年在南京共迎新年。面对时局，这年元旦之夜无一丝欢乐的气氛。是夜，师徒二人置酒对饮，相视凄然，潸然泪下。他们的使命没有完成而苦痛。
1949年1月19日夜，星光惨淡，傅斯年偕夫人俞大彩及胡适走出位于南京“史语所”大院中的家门，一行人在漆黑寒冷的夜色中悄无声息地走着。走出“史语所”大门时，工友老裴噙着眼泪对傅斯年道：“所长，希望您早日回来！”傅听罢，悲不自胜，握住老工友的手作别后，登车仓皇离去。当夜，傅斯年飞抵台北。
2019年11月22日星期六 高艺斌（这是我的：关于曹雪芹与清朝社会课题研究，其中的第九十八篇文章。）