核磁共振检查是将人放在一个巨大的磁铁中——也可以认为是一个特殊的磁场，高频磁场脉冲激发人体内氢原子核，引起原子核共振，让氢原子核吸收能量。
停止脉冲后，氢原子核将吸收的能量释放出来，发出的信号由体外的接收器接收，最后经计算机处理获得医学影像，这就是核磁共振成像检查。

因为核磁共振成像速度慢，包括检查前的摆位，做一个部位的成像至少要一刻钟到半小时左右，所以核磁共振成像检查每天患者数量十分有限，在医院这项检查都是需要提前预约的，如果需要做增强核磁共振，还需要注射造影剂，这就需要更多的时间。

因此，肺部炎症，肺肿瘤，腹部肝脏，胆囊，脾，胰和淋巴结等实质器官的CT检查是比较合适的。 对于普通人来说考虑比较多的的就是价钱，核磁共振成像的机器贵，成像速度慢，所以价钱也贵得多。
由于钙化灶、结石及分布在骨头外周的物质不含氢原子核或者含量极少，因此核磁共振对钙化、结石及分布在骨头外周的物质不敏感，故不能产生足够的核磁共振信号。