次氯酸水能杀灭各种微生物，包括细菌繁殖体、病毒、真菌和芽孢等。应用悬液杀菌试验，消毒剂与菌悬液比例为100：1时，有效氯含量为50mg/L的次氯酸水，在室温下对弯曲杆菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、MIRSA、白癣菌、革兰氏阴性需氧杆菌的杀灭时间均小于15s；在40℃时，对黑曲霉菌、枯草菌黑色变种芽孢的杀灭时间小于30s。同样在室温条件下，有效氯含量50mg/L的次氯酸水15s即对流感病毒、诺如病毒灭活。添加有机物的悬液法定量杀灭试验，有效氯含量200mg/L的次氯酸水10min-20min对枯草菌黑色变种芽孢的杀灭对数值大于5.
次氯酸消毒剂效果受有机物多少、使用消毒剂浓度、温度等因素的影响。消毒对象体系中的有机物多，杀菌效果相对降低；消毒剂浓度增加、温度升高，均能使其杀菌作用增加。在未添加有机物的条件下，悬液杀菌试验，有效氯含量50mg/L的次氯酸消毒剂在20℃~25℃、3min对枯草菌黑色变种芽孢的杀灭率达到99.99%以上，在40℃时，同样有效氯含量的次氯酸水达到相同的效果仅需30s；而60mg/L的次氯酸消毒剂在35℃，1min可以达到同样的杀灭效果。